用于临床疾病的免疫病理机制研究、诊断与鉴别诊断、治疗效果评估和预后判断等。主要包括感染性疾病、超敏反应性疾病、自身免疫性疾病、免疫增殖性疾病、免疫缺陷病、肿瘤和移植免疫的免疫学检验。

感染性疾病的免疫学检验，主要是采用多种免疫学技术针对感染病原体及致病过程中相关因素进行的检验，临床最常采用的指标是病原体的抗原检测和宿主血清抗体检测。病原体抗原的检出直接表明该病原体的存在；病原体感染机体诱导产生的抗体是临床诊断的重要依据之一，IgM类抗体为感染早期诊断指标，IgG类抗体出现晚，维持时间长，通常是临床诊断和流行病学调查的重要依据。同时，急性时相反应蛋白（如C反应蛋白、降钙素原、α-抗胰蛋白酶、结合珠蛋白、铜蓝蛋白和淀粉样蛋白A等）在感染性疾病等免疫损伤时异常增高，也作为目前感染性疾病的免疫学常用检测指标。

超敏反应是机体对刺激抗原在二次反应时的增强反应，其免疫学检验主要是针对免疫反应过程中的致病因素的检测，主要包括总IgE和特异性IgE的检测（适用于Ⅰ型超敏反应性疾病）、抗原抗体免疫复合物与补体成分检测（适用于Ⅲ型超敏反应）、结核菌素皮试与斑贴试验等。

自身抗体是自身免疫性疾病重要的致病因素，也是自身免疫性疾病的重要标志。自身免疫性疾病的免疫学检验主要通过荧光免疫技术、酶联免疫吸附试验和免疫印迹法等多种方法对机体多种自身抗体进行定量或定性分析，主要包括非特异性抗核抗体和多种疾病特异性自身抗体，如抗Sm抗体、抗核小体抗体和抗dsDNA抗体（系统性红斑狼疮诊断的特异性抗体）、抗环瓜氨酸多肽抗体和抗角蛋白抗体（类风湿关节炎的特异性抗体）、抗中性粒细胞胞浆抗体（血管炎相关抗体）等。同时，免疫球蛋白、补体定量、抗原抗体免疫复合物、外周淋巴细胞亚群检测及血清细胞因子检测等可作为自身免疫性疾病免疫学检验的重要补充指标。

免疫增殖性疾病是免疫器官、免疫组织或免疫细胞异常增生所致的一组疾病，通常表现为淋巴细胞异常增殖、免疫球蛋白数量和功能的异常。采用免疫技术对免疫球蛋白的定量和定性检测是免疫增殖性疾病的免疫学检验的重要内容，可为疾病的诊断提供重要依据。现通常采用免疫散射/投射比浊法对体液免疫球蛋白进行定量分析；蛋白电泳和免疫固定电泳对血清或尿液中异常免疫球蛋白定性分析，以辅助疾病诊断。

免疫缺陷病是由遗传或其他因素造成免疫系统发育或免疫应答障碍所致的一种或多种免疫功能缺陷或不全的临床综合征。根据免疫缺陷病的病因，其免疫学检验包括免疫细胞数量与功能检测、补体系统检测及免疫相关分子如免疫球蛋白等检测。

肿瘤免疫学检验是通过免疫学方法进行肿瘤的辅助诊断、疗效观察和复发监测及对肿瘤患者的免疫功能状态评估，肿瘤标志物检测是目前常用的肿瘤免疫学检验项目。肿瘤标志物随着免疫学检测技术和分子遗传学理论的发展，其应用从肿瘤诊断发展到早期高危人群筛查、疗效监测、预后判断和肿瘤精准医疗等多个方面。

移植免疫的免疫学检验是通过检测移植受者的免疫状态（体液免疫和细胞免疫）及免疫抑制药物浓度监测等辅助临床诊断或推测排斥反应的发生及调控治疗药物剂量，在有效控制移植排斥发生的同时，降低药物的器官毒性及继发感染的发生。