1670年5月2日成立于英国伦敦。英王特许公司拥有贸易垄断权和所有流向哈得孙湾的河流流域——鲁珀特封地。鲁珀特亲王担任公司第一任总督，下设一个委员会，共同组织毛皮拍卖、商品订购、员工雇佣等事项。1713年，法国与英国签订《乌得勒支和约》，承认公司对哈得孙湾地区的控制权。1774年，公司在西部的萨斯喀彻温河下游的坎伯兰豪斯建立了第一个内地商栈。

1779年，与英裔毛皮商人在蒙特利尔成立的西北公司展开激烈竞争。19世纪初，欧洲毛皮价格因拿破仑战争而一落千丈，公司实施重视商业信息收集、提高与印第安人谈判的能力、将工资与利润挂钩等一系列改革，开始在竞争中占据上风。1810年，塞尔扣克伯爵收购足够的股票，控制了公司，并在雷德河岸边建立居民点。1815年，公司进入西部的阿萨巴斯卡湖地区。

哈得孙湾公司与西北公司的竞争，导致1816年6月1日七橡树事件的发生，雷德河殖民地总督R.森普尔等21人遭到梅蒂人杀害。1821年，哈得孙湾公司与西北公司合并，新公司仍采用哈得孙湾公司的名称。英国的法律肯定和扩大了哈得孙湾公司的贸易垄断权，将范围扩展到西北领地。同时，公司的贸易范围分成南北两个地区，每年召开一次由总督主持的南北地区联席会议，通过磋商制定贸易管理规定、解决人员和商栈的分布及后勤物资供应等问题。1826～1860年，G.辛普森担任公司总督，通过裁员、削减开支，以及强化管理等措施，大大提高了工作效率。公司向印第安人提供医疗服务和其他供给，使之对公司的依赖性日益加强。

哈得孙湾公司标志

19世纪20年代，公司的毛皮商人抵达太平洋沿岸地区时，遇到了俄国毛皮商人。1839年，英俄两国达成协议，规定俄国以每年从哈得孙湾公司获得2000张海狸皮和一定的食物为条件停止在这一地区从事毛皮贸易。1849年，公司获得温哥华岛，并在此建立殖民地。1858年，英国政府在太平洋地区建立不列颠哥伦比亚殖民地，由公司商务总管J.道格拉斯担任总督。1863年，国际金融协会下属的英国投资集团收购哈得孙湾公司。此后，公司对毛皮贸易的投入开始减少，将目光投向移民定居点，零售业逐渐成为公司的重要支柱之一。1870年7月15日，公司以获得30万英镑和保留1/20的西部土地为条件，将鲁珀特封地交给加拿大自治领。1874年，公司设置土地专员办公室，从事西部土地的开发和销售。

20世纪以后，公司的投资和经营开始多元化。1926年，与他人联合建立哈得孙湾石油和天然气公司。但公司的主要业务仍是商品零售业，1978年，哈得孙湾公司已经控股了辛普森和泽勒两大零售业公司。进入21世纪后，哈得孙湾公司仍是加拿大主要的商业公司之一。