在卫生监督过程中卫生监督程序主要发挥两个功能： ①制约功能：规范卫生监督行为，严格依程序开展卫生监督活动，防止发生失职、超越职权或滥用职权行为。②保障功能：卫生监督程序为卫生监督过程的各个阶段设置了严格的规则，确保卫生监督行为合法有效，同时也保障相对人的合法权益不受侵害。

①法定性，卫生监督程序由卫生法律规范所规定，违反法定程序的卫生监督行为是无效行为。②有序性，卫生监督程序作为一种程序性法律规范，相对于实体性法律规范而言，主要规定卫生监督主体如何去行使职权。因此，卫生监督程序所规定的顺序步骤必须符合逻辑关系，精炼严谨，并且是完整、统一和有序的。③制约性，卫生监督程序源自国家的法律、法规，由国家强制力保证其实施，如有违反，必须承担相应的法律责任。

卫生监督程序是卫生监督主体和相对人之间为实现卫生法律、法规规定的权利和义务而采取的方式、步骤、顺序和期限等方面的行为规则。因此，要遵守以下四项原则。

卫生监督主体及其监督人员实施具体行政行为时，在程序上应平等地对待相对人，排除一切可能造成不平等或者偏见的因素。程序公正是实质性公正的前提，在没有程序性公正保障的具体行政行为中，不可能有实质性的公平。公正原则由回避程序、调查程序、合议程序、辩论程序等具体程序规则体现。

卫生监督主体通过一定的方式和途径让相对人了解有关卫生监督的情况。可以由表明身份、告知、说明理由、咨询等具体程序规则来体现。公开原则是政务公开化在卫生监督工作中的具体体现。卫生监督活动的公开，将提高相对人对卫生监督机构及其卫生监督人员的信任度，也有利于提高卫生行政执法的公平公正性。

卫生监督行为必须让相对人有所了解，相对人对卫生监督行为的程序有发表意见的权利。体现在：①卫生监督主体必须公开实施卫生监督行为的程序，让相对人事先了解其在程序上的权利和义务，接受相对人的监督。②相对人对影响其权利和义务的具体卫生监督行为，有权知道结论，也有权要求告知理由。③卫生监督主体在作出影响相对人权利和义务的具体行为时，必须给相对人发表意见或提出申辩的机会。

提高卫生行政效率是卫生监督程序的设立目的之一，没有一定的行政效率，就无法达到预期的行政管理目的。效率原则主要通过时效、紧急处置和简易程序等来实现。