1999年中国地质调查局组织开展了青藏高原高和大兴安岭空白区1:250000区域地质调查及中东部部分地区的区调修测。截至2007年，共部署了335个自然图幅。其中2004年之前的262幅采用传统方式填图，之后采用掌上机数字填图。2004年启动了传统填图成果的数据库建设，2010年全面完成。与数字填图的成果合并为完整的1:250000地质图数据库。

1∶250000地质图数据库的建立分两个部分：一是将采用数字填图技术之前形成的纸质地质图和数字化地质图，从扫描纸质地质图形成的栅格图片或数字化的地质图为入口，进行图形矢量化或数据整理、投影变换、数据导入、拓扑检查、要素类属性输入、对象类提取、对象类属性完善、建立空间数据库等；二是将应用数字填图技术之后形成的数字地质图，以编稿地质图数据为入口，进行拓扑检查、数据导入、要素类属性完善、对象类提取、对象类属性完善、建立空间数据库。

数据库主要包括15个基本要素类、8个综合要素类、12个对象类和5个独立要素类。基本要素类包括地质体面实体、地质界线、产状、矿产地点、样品点、化石点等，要素类共享空间参照系，具有相同的几何类型和相同的属性要素。综合要素类包括构造变形带、蚀变带、变质相带、混合岩化带等，与基本要素类共享空间参照系，但与基本要素类是覆盖关系。对象类包括沉积岩岩石地层单位、侵入岩谱系单位、变质岩地层单位、断层、脉岩等，对象类具有相同属性但属于非空间要素。独立要素类包括接图表、图例、综合柱状图、图切剖面和责任表，需要建立自己的空间参照系。

1∶250000地质图数据库的建立首次使用了新一代数字地质图空间数据库标准，采用了面向对象的Geodatabase数据模型，与具有拓扑关系的图层数据为基础的经典数据模型相比具有易维护和空间分析检索高效等特点。实现了中国数字填图成果建库工作的一体化，从而改变了地质图建库的工作方法。