栽培用的基质在经过一段时间的使用后，由于空气、灌溉水、前茬种植过程滋生以及基质本身带有的病菌等会逐渐增多而使后茬作物产生病害，严重时会影响后茬作物的生长，甚至造成大面积的传播以至整个种植过程的失败。因此，基质在使用一段时间之后要进行消毒处理或更换。基质消毒可分为物理消毒和化学药品消毒，基质消毒机使用物理消毒方法的蒸汽消毒法，称为蒸汽基质消毒机。

可分为牵引式、自走式和车上搭载式。此外，按照每小时蒸汽蒸发量的不同和大小型机重，安装了各类型号的适用蒸汽消毒装置，日本有专用的移动式全自动蒸汽消毒机。日本蒸汽基质消毒机分为两类：一类是带消毒箱，其下部为蒸汽室，上部为基质室，主要用于育苗、盆栽；另一类不带蒸汽室，工作室是把带孔的管子埋在基质中，向管道通入蒸汽。还有搅拌式基质消毒机和利用远红外消毒原理的基质消毒机，采用远红外线加热技术，利用高温杀死基质中的有害生物，集成了电控装置、消毒装置、传动装置、进料装置和运料装置，实现加热温度、运行速度的连续可调；通过远红外加热元件对育苗基质进行加热，使基质温度升高到80℃以上，干预有害微生物积累和繁殖，杀死病原菌。