萨尔瓦多人多地少，农民由于缺少土地，在政府鼓励下，不断向地多人少的洪都拉斯移民。到1969年，萨尔瓦多的非法移民超过30万，被洪都拉斯地主视为土地“侵占者”。为了限制移民，洪都拉斯政府颁布法令，驱逐没有合法产权的萨尔瓦多人。到1969年6月，已有1.7万名萨尔瓦多移民被驱逐出境。大量移民回国，使得萨尔瓦多国内局势紧张，两国关系由此恶化。

此时，正值参加1969年世界杯足球赛的萨、洪两国足球队开赛。敌对情绪笼罩着整个比赛过程。比赛在两国首都各举行一场，每场都发生外国球迷遭东道国观众殴打的事件。比赛结束后，输了球的洪都拉斯人迁怒于萨尔瓦多移民，驱逐移民的行动变本加厉，致使萨尔瓦多政府于6月27日向美洲国家组织泛美人权委员会提出控告，抗议洪都拉斯对萨尔瓦多移民的迫害，同时宣布与洪都拉斯断交。7月14日，萨尔瓦多出动军队，从陆地和空中两路入侵洪都拉斯，深入洪都拉斯南部领土25英里（1英里=1.609 344千米），并占领了新奥科特佩克城。一方面由于8000人的萨尔瓦多军队无法占领一个比自己大4倍的国家，另一方面由于美洲国家组织的调停，双方不得不于7月19日停火。随后，萨尔瓦多军队撤出洪都拉斯。整个战斗持续了100个小时，因此也被称为“一百小时战争”。据估计战争造成2000多人死亡，6000多人受伤，经济损失达5000万美元。

洪都拉斯士兵看着死去的萨尔瓦多人

足球战争增强了萨尔瓦多军人对国家政治的影响力，尤其是执政党国家协和党的很多候选人，离开军队，在随后的议会选举和地方选举中获得了胜利。另外，被洪都拉斯驱逐的移民回到萨尔瓦多，给国家带来了巨大的经济压力，为20世纪80年代爆发的内战埋下了隐患。