生于瓦哈卡州萨波特克印第安人家庭，卒于墨西哥城国民宫。年幼时父母离世。12岁时，前往瓦哈卡城投靠姐姐，开始学习圣职。后在当地的艺术科学院学习法律。19世纪30年代，开始参与地方政治。1834年，获得律师资格。1841年，成为法官。1847～1852年，任瓦哈卡州州长。在美墨战争中，反抗美国的侵略。

1853年，因反对A.L.de桑塔·安纳的独裁统治，胡亚雷斯被流放到路易斯安那州的新奥尔良。1854年，参与制定阿尤特拉计划。圣安纳被推翻后，返回墨西哥，参加了J.阿尔瓦雷斯将军成立的自由派临时政府，任司法部部长。先后制定了废除教会与军官特权的《胡亚雷斯法》和《莱尔多法》，并参与领导制定墨西哥1857年宪法。

1857年，以F.M.苏洛阿加为首的保守派发动叛乱，I.科蒙福特总统向保守派妥协，胡亚雷斯等人被捕。1858年1月15日，自由派按照墨西哥1857年宪法条文规定，承认最高法院院长胡亚雷斯是临时总统。保守派控制墨西哥城后，胡亚雷斯逃亡克雷塔罗，后到维拉克鲁斯，得到北部和中西部几个州和美国J.布坎南政府的支持。1859年12月，美国政府和胡亚雷斯政府签订协议《麦克莱恩-奥坎波条约》。1861年1月1日，胡亚雷斯领导自由派重新占领了墨西哥城。

1861年3月，胡亚雷斯被选举为总统，但遭到保守派的反对。鉴于政府陷入财政危机，他取消支付外债利息。这激怒了西班牙、英国和法国，于1861年12月联合派军占领维拉克鲁斯，西班牙、英国与胡亚雷斯政府签订协议后撤军。1863年，法国迫使胡亚雷斯再次逃亡，先后到达圣路易斯波托西、今北部城市华雷斯城，后到奇瓦瓦市，建立了逃亡政府。1865年，胡亚雷斯总统任期结束，因处于战争紧急状态，议会准许其延长任期，直到法国1867年撤退。

1867年，胡亚雷斯赢得总统大选，重建政府，开始着手恢复经济，兴办教育。为充盈国库，实施自由改革时期制定的激进的土地政策。1871年，第三次赢得选举，被许多人认为存在舞弊行为。P.迪亚斯以诺里亚计划为名发动叛乱，试图迫使其下台，但被平定。1872年病逝。