19世纪末，波多黎各争取自治的政治运动不断高涨，并引起了国际的关注。面对这种形势，1897年11月，西班牙部长会议颁布了3项法令，改革波多黎各和古巴的殖民体制。第一项法令赋予殖民地居民西班牙宪法第一款规定的个人权利。第二项法令规定实施1896年的选举法，授予所有曾丧失公民权的25岁以上的男性以投票权。第三项法令即自治宪章，对殖民地政府机构进行改革。

根据自治宪章，国王任命的总督代表王室行使殖民地的全部行政权力，负责指挥岛上的海陆武装力量，负责维持波多黎各的公共安全和秩序。总督有权任命殖民地的行政官员。立法机构分为行政院和众议院。行政院由15名成员组成，其中7名由总督任命，终身任职，8名由选举产生。行政院由商人、地主和其他有影响的专业人员组成。成员被授予特权地位，只有拥有财产和社会声望的人才有机会。成员必须出生于波多黎各岛，或在岛上居住至少4年以上，并一直享有政治权利，年收入不得低于4000比索。众议院由32名成员组成，当选资格与行政院成员一样，除了财产资格限制之外，众议员任期5年，可以无限制连任。立法机构有权在任何有关波多黎各管理的事务上颁布法律，如财政、公共工程、贸易、预算和工业。立法机构还可与外国谈判贸易协定，但是达成的协定必须经马德里的西班牙政府批准。虽然自治宪章没有承认波多黎各与西班牙之间的自由贸易，但是批准行政院和众议院制定二者之间的进出口关税。宪章还允许地方市镇确定自己的预算，就公共教育、交通、健康、雇佣雇员等方面的事务做出决定。宪章授予男子选举权，承认个人权利，增加波多黎各人在西班牙议会中的代表人数，削弱殖民地总督的权力，建立经选举产生的地方议会，允许当地人参与行政事务。

自治宪章是波多黎各争取参与行政管理的斗争的成果。宪章颁布后，举行了第一次男子投票的普选，庄园主的政党取得压倒性胜利，获得80.6%的选票；而从其分裂出去的派别（由自由职业派组成）获得15.6%的选票。第二年美国占领波多黎各后，此宪章被废止。