前身是成立于1983年的内蒙古师范大学科学史研究所。在此基础上，2001年成立科学史与科技管理系（2006年改称学院），2009年成立科学技术史研究院。历任所长、系主任、院长为陈广荣（1983～1987）、李迪（1987～1996）、罗见今（1996～2005）、郭世荣（2005～2018）、咏梅（2018～）。

该院设有数学与天文学史、技术史与物理史、民族文化遗产、科学史与科学文化、科学技术哲学等研究室，以及中国教育技术史研究中心、科技考古实验中心、文献中心、科技史博物馆等。科学史研究以中国史、古代史和内史为主，在学界树立了良好声誉。传统优势研究方向是数学史和少数民族科技史。数学史是自治区首批重点学科，科学技术史一级学科首批列入自治区重点学科、自治区优势特色学科、自治区一流学科。在全国第四轮学科评估中被评为B+，是自治区评估等级最高的两个学科之一。教学团队被评为“国家级优秀教学团队”，也是首批自治区级优秀教学团队。团队成员多人次担任国际数学史学会执行委员、国务院学位委员会科学技术史学科评议组成员及学会和专业委员会学术职务。

1978年开始培养硕士研究生。2006年获批科学技术史一级学科博士点，是内蒙古师范大学最早的博士学位授权点。2012年获批建立科学技术史博士后流动站。此外，还设有科学技术哲学硕士学位点，与内蒙古博物院、内蒙古文物考古研究所共建自治区研究生联合培养基地。至2019年，培养科学技术史硕士毕业生150多人、博士毕业生53人（其中留学生8人），多人成为本专业学科带头人和学界骨干，在国内外以科技史“内蒙古团队”而著名。

该院有教职工24人，其中享受政府特殊津贴2人、国际科学史研究院通讯院士1人、教授6人和副教授6人。出版学术著作100多部，发表论文1000多篇，其中有《中国少数民族科技史丛书》（7卷）《中国数学史大系》（10卷）《中国数学通史》（3卷）《中国少数民族科技史》（6卷）等著作。科研成果获得郭沫若历史学奖、教育部优秀社科成果奖、自治区科技进步奖、自治区社科成果奖、自治区教学成果奖、全国科技图书奖等奖项。曾编印《数学史研究文集》《中国少数民族科技史文集》《数学文化史杂志》（Journal of the Cultural History of Mathematics）、《物理学史丛刊》等不定期系列出版物。

文献中心收藏有珍贵古籍、科技史专业图书、外文书籍等1万余种，包括英国李约瑟研究所赠送的全部李约瑟的原版论著，日本横地清、森本光生教授赠送的大量图书以及李迪书院收藏的图书、手稿、书信和照片等。此外，还有中文古籍数据库、Gale Scholar原始文献数据库。实验中心有金相显微镜、X射线衍射仪、拉曼光谱仪和便携X衍射能谱仪等仪器设备。