水质检测中心的主要任务是对区域内规模较大的集中供水工程开展水源水、出厂水、管网末梢水水质抽检，对区域内小规模的集中供水工程和分散式供水工程进行水质巡检，作为水利主管部门开展行业监督的重要依据，为供水单位和供水管理机构提供技术支撑，保障供水水质安全。2012年由国务院批复，国家发展和改革委员会、水利部、卫生部（今国家卫生和计划生育委员会）和环境保护部颁布的《全国农村饮水安全工程“十二五”规划》中提出“加强县级农村饮水安全工程水质检测能力建设”的要求；2013年四部委联合发布水质检测能力建设指导意见和水质检测中心建设导则，规定每个设区市具备《生活饮用水卫生标准》（GB 5749—2006）中要求的42项常规指标及本地区存在风险的非常规指标的检测能力；2014年和2015年全国分两批以县为单位共建设2326个区域农村饮水安全水质检测中心，区域农村饮水安全水质检测中心均已建成并投入使用。

水质检测中心可依托区域内规模较大的水厂水质化验室或供水管理机构自建，或利用水利、卫生计生、环保、住建等部门现有的水质检测机构、监测机构合作共建，以及政府购买服务等形式进行建设。

水质检测中心的建设应综合考虑设置的检测项目、频率、仪器设备配置和化验室占地面积等因素，合理布局。水质检测中心应区分化验室和办公区，化验室一般包括天平室、药剂室、理化室、微生物室、分析仪器室、放射室、水样储存间以及药品储藏室；办公区一般包括办公室、资料室、更衣室、会议室和车库等。水质检测中心还应配备水质采样和巡检车辆。

水质检测中心通常应配备专门水质检测人员6人，检测人员应有中专以上学历并掌握水环境分析、化学检验等相应专业的基础知识与实际操作技能，经培训取得岗位证书。水质检测中心运行和检测费用根据机构性质、任务来源等情况，主要通过相关工程的供水水费收入和社会服务收费等解决，不足部分由地方财政通过现有资金渠道补充。

水质检测中心检测水质指标的评价标准应依据《生活饮用水卫生标准》（GB 5749—2006），检测水质指标采用的方法应依据《生活饮用水标准检验方法》（GB/T 5750—2006）。

区域水质检测中心的建设，统筹解决了中国农村中小型水厂单独建设水质化验室成本高、缺少专业技术人员的问题，降低了水质检测费用，扩大覆盖面，增强了农村供水水质自检和行业监管能力，能够促进农村供水工程水质达标率的提升，确保供水安全。