1989年成立，2000年4月北京大学与北京医科大学合并后更名为“北京大学医学史研究中心”，中心主任程之范（1989～2001），张大庆（2002～ ）。

该中心通过医学史研究生教育，培养医学史和医学人文社会科学方面的跨学科人才，开展跨学科领域的研究。研究领域涉及中外医学史、医学思想史、医学文化史、医学社会史、卫生政策史、全球健康史、生命伦理学史以及医学各分支学科的专门史等研究。中心还开展中西医学比较、中外医学跨文化研究等综合性和交叉性的研究。

该中心是科学技术史一级学科博士点单位，招收医学史与生命科学史方向的博、硕士研究生和博士后。出版有《中国医学通史•近代卷》《中华医学百科全书•医学史》《中国近代疾病社会史》《医学史十五讲》《医学人文学导论》等专著。编著的《医学史》教材获北京市高等学校精品教材。“五二三任务”及青蒿素研发历史的研究成果获得学界好评并产生了重要的社会影响。