2009年7月，在奥地利萨尔茨堡召开的题为“城市生态学研究与城市生态系统管理的挑战——国际视野”的专题研讨会上，来自奥地利、英国、美国、德国、中国、瑞典、荷兰、丹麦、俄罗斯、新西兰、南非、巴基斯坦、巴西、阿根廷等国家的30多位代表提议成立国际城市生态学会。其总部位于奥地利萨尔茨堡，在中国、南亚、拉丁美洲、东南欧、中欧等地区成立了分支机构。会员分为正式会员、通讯会员和机构会员三种，正式会员来自世界各国。学会采用执行委员会的方式管理，组织各种学术活动，先后举办和参与举办了国际城市生物多样性大会（2010，日本名古屋）、第八届国际景观生态学大会（2011，中国北京）、第一届国际城市生态学大会（2013，德国柏林）、城市生态学国际研讨会（2015，哥伦比亚波哥大）、第二届国际城市生态学大会（2016，中国上海）、第三届国际城市生态学大会（2020，波兰波兹南）等。从2011年开始，国际城市生态学会在上海华东师范大学连续举办了5届城市生态学国际暑期学校，来自世界各国的300多名研究生学员先后参加培训和学习。

国际城市生态学会旨在推动城市生态学基础研究和应用实践的发展，增进对城市生态系统结构和功能的理解，促进人类与城市环境之间的平衡互动，增强科研人员与应用实践者之间的联系和对话；在更加广泛的国际背景下，代表学术界的兴趣，集思广益，促进对城市生态问题的探讨，并培养城市生态学的人才。

主办期刊《城市生态系统》（Urban Ecosystems）。