1953年成立，目的是促进日本生态学有关领域的研究。由理事会管理，办公室位于京都市。学会下设战略规划、自然保护、生态学教育、职业支持、大规模长期生态学、生态系统管理、野外工作安全、年会筹划、奖项评选等9个专门委员会，以及北海道、关东等7个地区分会。

截至2020年10月，学会拥有包括研究人员、学生以及从事相关职业人员在内约3500名成员。学会每年以不同主题在日本各地组织年会，并评选日本生态学学会奖、宫城奖、大岛奖等奖项。

学会主办的刊物有《生态学研究》（Ecological Research）、《日本生态学杂志》（Japanese Journal of Ecology）、《日本保护生态学杂志》（Japanese Journal of Conservation Ecology）等。