1979年12月成立于昆明，首任理事长由马世骏担任。学会于1980年加入中国科学技术协会，1984年作为团体会员加入国际生态学学会（International Association for Ecology, INTECOL）。

主要任务包括：①开展国内外学术交流，普及生态科学知识，传播生态学思想，推广生态技术。②编辑、出版、发行生态学科技书刊及相关的音像制品。③组织全国生态学工作者参与国家生态环境建设政策、法律法规制定和科学决策工作。④对国家经济建设中的重大决策进行科学论证和科技咨询，提出政策建议。⑤促进民间国际科技合作。⑥开展对会员和科技人员的继续教育和培训工作。

截至2020年10月，中国生态学学会有会员10000余人，下设农业生态、城市生态、理论生态、海洋生态、微生物生态、动物生态、化学生态、景观生态、湿地生态、种群生态、生态工程、长期生态、民族生态、生态健康与人类生态、污染生态、旅游生态、生态水文、中药资源生态、淡水生态、红树林生态、稳定同位素生态、生态遥感、生物入侵、流域生态、产业生态、区域生态、生态气象、恢复生态、高寒生态等29个专业委员会，以及青年、科普、教育、期刊和咨询5个工作委员会。

主办中文学术期刊《生态学报》《应用生态学报》《生态学杂志》《湿地科学》以及英文学术期刊《生态系统健康与可持续性》（Ecosystem Health and Sustainability）、《林业研究》（Journal of Forestry Research）、《资源与生态学报》（Journal of Resources and Ecology）等。