2018年8月15日，粤港澳大湾区建设领导小组第一次全体会议在北京召开。时任中共中央政治局常委、国务院副总理韩正担任粤港澳大湾区建设领导小组组长，时任中共广东省委书记李希、国家发展和改革委员会主任何立峰担任副组长，成员由中央有关部门领导及粤港澳三地行政首长组成。2019年2月18日，《粤港澳大湾区发展规划纲要》（简称《规划纲要》）发布。《规划纲要》明确提出，加强对规划实施的统筹指导，设立粤港澳大湾区建设领导小组，研究解决大湾区建设中政策实施、项目安排、体制机制创新、平台建设等方面的重大问题。

领导小组下设办公室，负责督促落实领导小组决定的事项，组织开展有关日常工作。领导小组办公室设在国家发展和改革委员会，主任由国家发展和改革委员会主任担任，副主任由国家发展和改革委员会、国务院港澳办负责同志担任。办公室具体工作由国家发展和改革委员会地区经济司负责。