生于新西班牙(今墨西哥)墨西哥城附近圣米格尔内潘特拉的农庄。父亲是西班牙人,母亲是克里奥尔人。自幼聪慧好学,3岁读书识字,8岁即可赋诗,9岁搬到墨西哥城外祖父家居住,在家中的私人图书馆博览群书,学习各种知识。1665年,因才华出众、容貌美丽被招进总督府,充当总督夫人的侍从女官。因宫廷生活无法安心治学以及个人恋爱的悲剧,1667年入加尔默罗修道院苦修,不久退出。两年后,入圣赫罗尼莫修道院,修行的同时,潜心科学研究和文学创作,并收集了4000多册藏书,创建图书馆。她所在的圣赫罗尼莫修道院成为当时新西班牙的文化中心。
她的作品以殖民地时期的墨西哥社会为背景,描绘各阶层的人物,具有明显的现实主义倾向。她以写抒情诗著称,被誉为“第十位缪斯”“墨西哥的凤凰”。诗歌语言绮丽,感情细腻,富有人文主义色彩,具有贡戈拉主义的巴洛克风格,代表作品为长诗《初梦》。主要作品收录在3部诗集《卡斯塔利达的洪流》(1689)、《修女胡安娜·伊内斯·德·拉·克鲁斯著作第二卷》(1692)、《墨西哥的凤凰和第十位缪斯的遗作和声誉》(1700)中。
除诗歌外,还写了一些散文和戏剧。1691年,创作半自传式散文《答索尔·菲洛特亚·德·拉·克鲁斯修女》,以回击教会对她从事文学创作的质疑,捍卫女性求知的权利。宗教短剧包括《何塞的牧杖》《圣礼殉教者》《神圣的纳尔西索》等。两部喜剧《家庭的责任》《爱情是个大迷宫》均为欢迎总督到任而作。
1695年瘟疫流行时,因照顾病人,不幸染疾去世。