4～7世纪，洪都拉斯西部是玛雅文明中心之一。1524年沦为西班牙殖民地。1537～1539年，莱姆皮拉领导3万印第安人举行起义，反抗西班牙殖民统治。1539年，划归危地马拉都督府管辖。在殖民统治时期，西班牙殖民者残酷奴役印第安人和黑人，肆意掠夺当地的金、银矿藏。

科潘玛雅遗址（位于洪都拉斯科潘省西部的科潘瑞纳斯）

1821年9月15日，洪都拉斯宣布独立。1822年，并入墨西哥伊图尔维德帝国。1823年，加入中美洲联邦。1838年10月，退出中美洲联邦，成立共和国。1840年，在危地马拉独裁者R.卡雷拉支持下，保守派F.费雷拉建立独裁政府。1853年以后，在危地马拉、萨尔瓦多和尼加拉瓜等邻国的干涉和支持下，自由派和保守派为争夺政权经常发生政变和内战，政权更迭频繁。金、银矿开采遭到破坏。农业相当落后。从19世纪40年代起，英国侵占洪都拉斯东部地区和巴亚群岛，修建铁路，并取得大片土地的租让权。19世纪末，美国攫取圣胡安西托地区银矿开采权。20世纪初，美国联合果品公司和标准果品公司霸占北部沿海平原大片土地，发展香蕉种植园，并垄断大部分铁路、航运、电力和香蕉出口。到1913年洪都拉斯90%以上的对外贸易为美国所控制。

1853年英国宣布洪都拉斯的海湾群岛为殖民地

第一次世界大战后，美国加紧对洪都拉斯的政治控制和经济掠夺。多次出兵干涉洪都拉斯内政，扶植傀儡政权。在联合果品公司的控制下，洪都拉斯成为单一经济国家，香蕉生产发展很快，到1930年香蕉出口占世界第一位。1929年世界资本主义经济危机使洪都拉斯经济受到沉重打击，群众生活下降，人民起义不断发生。国民党领袖T.卡里亚斯·安迪诺在美国的支持和策动下，于1933年攫取政权，建立长达16年之久的独裁统治。

1954年，联合果品公司和标准果品公司的7.5万名工人为提高工资、改善劳动条件和争取参加工会的权利举行大罢工，迫使美国垄断资本做出某些让步。1957年大选中，自由党获胜，R.比列达·莫拉莱斯任总统，颁布土地改革法，采取一些改善人民生活的措施。1963年武装部队司令O.洛佩斯·阿雷利亚诺在美国策动下发动政变，推翻比列达·莫拉莱斯政府，于1965年当选总统。1971年，国民党人R.E.克鲁斯竞选获胜，执政不久，洛佩斯·阿雷利亚诺又一次发动政变上台。1975年，武装部队司令J.A.梅尔加·卡斯特罗发动政变，取代洛佩斯·阿雷利亚诺。1978年武装部队司令P.帕斯·加西亚发动政变，组成以他为首的军人委员会。1821～1978年，洪都拉斯共发生139次政变，是拉丁美洲政变最频繁的国家之一。

1981年大选中，自由党领袖R.苏亚索·科尔多瓦当选总统。1985年11月举行大选，自由党人J.A.奥约当选为总统。20世纪80年代，洪都拉斯成为美国打击尼加拉瓜革命和萨尔瓦多游击队的合作基地和前线。1989年，R.L.卡列哈斯当选总统。次年，洪都拉斯结束与尼加拉瓜、萨尔瓦多之间的战争。90年代，受益于中美洲地区和平与合作，洪都拉斯经济有所发展。1993年，自由党候选人C.R.雷纳当选总统。1997年，自由党人C.R.弗洛雷斯赢得总统大选。1998年，米奇飓风重创洪都拉斯，造成5600人死亡，数千人失踪，经济损失逾20亿美元。

被米奇飓风破坏的建筑

2001年，国民党候选人R.马杜罗当选总统。2002年，洪都拉斯与古巴重建外交关系。2005年，自由党候选人M.塞拉亚当选总统。塞拉亚就任后，重视发展与H.R.查韦斯·弗里亚斯领导下的委内瑞拉的关系，于2008年加入“美洲玻利瓦尔替代计划”。因提出修宪以修订对总统任期的限制，塞拉亚招致各方反对，于2009年6月被军队强制流放。国会发言人R.米切莱蒂被任命为洪都拉斯临时总统。洪都拉斯政坛剧变引发国际广泛关注。联合国和美洲国家组织均呼吁洪都拉斯准许塞拉亚回国复职。洪都拉斯一度被美洲国家组织中止成员国资格。部分国家对洪都拉斯实施经济制裁以施压。但洪都拉斯国会拒绝塞拉亚复职。在2009年11月总统大选中，国民党候选人F.洛沃·索萨获胜。2013年11月，国民党候选人J.O.埃尔南德斯当选总统，于2014年1月27日就任，2018年1月连任。