前身为1952年成立的北京电影制片厂科教片组。1953年2月2日，北京电影制片厂科教片组迁至上海，成立科学教育电影制片厂，编辑室仍留在北京。1957年编辑室迁至上海，改名为上海科学教育电影制片厂。1954～1956年曾一度建立翻译片组，翻译国外科教片。设创作办公室、技术办公室、生产办公室、艺术委员会和技术委员会，并有动画车间、照明车间、特技布模车间、录音放映车间、剪接车间等技术部门。生产品种有科学普及片、技术推广片、课堂教育片、社会教育片、科学幻想片、科学技术杂志片和旅游片等。

自建厂以来，共摄制科教片上千余部。其中《细胞重建》《全息胚——生物科学的新发现》《脑海》《花》获中国电影金鸡奖最佳科教片奖；《没有“外祖父”的癞蛤蟆》《知识老人》《红绿灯下》获中国大众电影百花奖最佳科教片奖；《水土保持》《淡水养鱼》《杠杆的作用》《玉米人工授粉》《敦煌艺术》《盐湖》《叶面施肥》《试管苗》《遗传工程初探》《119与911》《蜜蜂王国》《万里长城》《幼儿家庭教育》《胆结石的奥秘》《燕子》《拱的建筑》《台风》《中国首次南极考察》《曾侯乙编钟》《动物的眼睛》等均获优秀影片奖；《培育壮秧》《杉木》《高山植物》《中国冰川》《冠心病》《摇篮——人造卵与赤眼蜂》《高空气球》《眼底——洞察人体疾病的窗口》等曾在国际上获奖。

1996年，与上海电影制片厂、上海电影译制厂、上海美术电影制片厂、上海电影技术厂等组建上海电影集团公司。2001年，上海电影集团公司成为上海文化广播影视集团旗下公司。