自1994年着手治理淮河流域起，中国的流域环境治理工作逐步启动，随后在“三河三湖”等重点流域全面展开。1995年8月，国务院颁发了全国第一部流域污染综合防治行政法规——《淮河流域水污染防治暂行条例》。此后，《三河三湖水污染防治计划及规划》《重点流域水污染防治规划（2016-2020年）》等相继颁布，为流域环境治理工作的开展提供了法律法规支撑。

流域环境治理的相关机制包括：①对流域一、二级支流实施的河长制；②按照“保护者收益、利用者补偿、污染者赔偿”的原则建立的流域生态补偿机制；③划定流域生态环境质量红线；④农业农村污染整治改革，包括控制网箱养殖规模、处理农村生活污水等；⑤流域生态环境保护监管和行政执法体制改革，以及流域环境污染的第三方治理。

流域环境治理的方法有：①物理方法，包括曝气、环保疏浚、原位覆盖、机械除藻、调水等；②化学方法，主要是采用各种化学药剂，如加入化学药剂杀藻、混凝沉淀、加入石灰脱氮、加入铁盐促进磷的沉淀（化学固磷）等；③生物-生态法，包括水生植物净化法、生物膜技术、河道曝气复氧、土地处理法、生物修复法等。

流域环境治理是一项复杂的系统工程，现行的流域环境治理还存在许多局限，如流域分区与行政分区的分割问题，流域环境治理中的多部门协调问题。如何在行政层面落实流域环境治理责任，整合相关管理职能，已成为中国流域环境治理亟须解决的关键问题。