生于广东香山（今中山），卒于上海。5岁随父到澳门，曾在澳门灌根草堂求学，在旧学方面打下了较深的基础。1899年到广州入时敏学堂，两年后毕业。1901～1909年，留学日本学习音乐，先后在东京高等师范附中和日本帝国大学哲学科毕业，同时，一直在东京音乐学校专修唱歌和钢琴。1906年由孙中山介绍加入了同盟会。1907年在东京中国留学生刊物《学报》上连载《音乐概说》一文。1909年回国。1912年由北京教育部选派公费赴德留学，专攻音乐。1916年在莱比锡大学以论文《17世纪以前中国管弦乐队的历史的研究》（中译名《中国古代乐器考》）获哲学博士学位。之后他在柏林施特恩音乐学院学习理论作曲，1916年就创作了弦乐四重奏《小夜曲》、军乐合奏曲《在暴风雪中前进》、钢琴曲《哀悼引》等作品，都是学习西方古典乐派作曲技法的习作。

1920年回到北京。1921年应北京大学校长蔡元培之聘，任北京大学音乐研究会导师。1922年北京大学音乐传习所成立，萧友梅任教务主任。同时，他还任北京女子高等师范学校音乐科（1920年成立）主任和国立北京艺术专门学校（后改为国立北平艺术专科学校）音乐系（1926年成立）主任。北京地区的专业音乐教育就在他的主持下开始起步了。1922年末，萧友梅组建了一个小型的管弦乐队——北京大学管弦乐队，共有16位演奏员，这是第一个由中国人组成的、具有一定专业水平的管弦乐团，由他亲任指挥。1923年他谱写了管弦乐曲《新霓裳羽衣舞》，这是中国第一首管弦乐作品。后来出版了《新霓裳羽衣舞》的钢琴曲版本。这一时期也是萧友梅音乐创作最为活跃的时期，如他在1920年谱写了《卿云歌》（词选自《尚书》），被当时的北京国民政府选定为“国歌”而颁布全国。为了教学的需要，他还创作了大量学生歌曲，1922年出版了《今乐初集》，1923年又出版了《新歌初集》和《新学制唱歌教科书》（共3册，1924～1925）。这些歌曲集共收入回国后谱写的带钢琴伴奏的歌曲近百首，补充了当时的中学音乐教材。歌集中的《问》《南飞之雁语》《踏歌》《杨花》等在学生中流传较广。萧友梅在20年代还谱写了《五四纪念爱国歌》《国民革命歌》等民主、爱国题材的歌曲，以及大合唱《春江花月夜》（唐张若虚词）、《别校辞》等作品。

萧友梅的音乐创作主要产生在五四运动前后的10余年间。他一共创作了各类歌曲100余首，大合唱2部，钢琴曲3首，大提琴曲1首，弦乐四重奏曲1首，乐队作品3首。

1927年北京各音乐教育机构被勒令停办。萧友梅应南京国民政府大学院院长蔡元培之邀，于同年11月在上海正式创办了国立音乐院（今上海音乐学院），这是中国第一所正规的、独立的音乐专门学校。1929年，该院改名为国立音乐专科学校，萧友梅任校长。在他的努力下，上海音专的教学水平达到了相当的高度，先后培养出一批优秀的中国音乐人才。萧友梅一直担任音乐专科学校的行政、教学工作，直到病逝。

1990年上海音乐出版社出版了《萧友梅音乐文集》，收入他自1907～1940年所写的音乐著述和论文共56篇。所涉及的内容包括：中西音乐比较研究、音乐教育研究、中国传统音乐研究、音乐的民族特点、中国音乐史研究、对音乐创作和音乐生活的评论等，如《中西音乐的比较研究》《音乐传习所对于本校的希望》《〈九宫大成〉所用的音阶》《旧乐沿革》等。贯穿于萧友梅理论研究的中心问题是：探寻近代中国音乐不发达之原因，希望能努力借鉴西方音乐，促进改良旧乐和创作新乐，以期中国音乐“与西乐有并驾齐驱之一日”。

《哀悼进行曲》曲谱