分子式为C₂₃H₂₅N₂C_l，相对分子量为364.92，孔雀石绿多以草酸盐、盐酸盐的形式存在，结构式见图1、图2。

图1 孔雀石绿结构式

图2 隐性孔雀石绿结构式

孔雀石绿曾被广泛用于制陶业、纺织业及皮革业中。自20世纪30年代，孔雀石绿被证实具有杀灭鱼体寄生虫、防治水霉病等药效后，被许多国家广泛用于水产养殖业。但90年代起陆续有学者发现，孔雀石绿具有中等急性毒性及“三致”（致癌、致畸、致突变）等慢性毒性，在鱼体及环境中残留时间长，且能在生物体内还原代谢成残留时间更长的脂溶性物质——隐性孔雀石绿。因此，美国、加拿大、欧盟、日本等国家和地区相继将孔雀石绿列为水产养殖禁用药物。中国农业部（今农业农村部）于2002年将其列入《食品动物禁用的兽药及其它化合物清单》。卫生部（今国家卫生和计划生育委员会）在2010年3月公布的《食品中可能违法添加的非食用物质和易滥用的食品添加剂名单（第四批）》中，明确禁止将孔雀石绿以抗感染为目的用于鱼类的养殖、流通等环节中。

但由于孔雀石绿抗菌效果好、价格低廉，且尚未寻找到有效的替代物，一些水产养殖者在养殖、运输及贮存中仍有非法使用孔雀石绿的行为存在。