组织过轨运输的目的是减少旅客换乘或货物换装，降低用户广义费用或运输成本，缓解旅客换乘站的拥挤或货物换装站的负荷，进而改善安全性，提高全过程运输效率。

由于运输经营实体的不同，过轨运输一般需要解决两个实体间在技术制式、运输组织规则、安全管理标准等方面的差异，这些差异既有设施设备等硬件方面的，也有制度方面的。过轨运输的实施一般需要以过轨协议为依据，而过轨协议一般涉及安全管理、行车组织、设备管理、经济利益、技术规范、法律责任等方面的内容。以旅客运输为例，过轨运输的经济协作模式一般有租车模式、租线模式和线路互换模式三种。租车模式是指线路拥有方将对方过轨来的列车作为租赁列车，向列车拥有方支付列车租赁费，而列车在本方线路上的收益归线路拥有方。租线模式是指列车拥有方在过轨区段向线路拥有方支付运行线租赁费，过轨区段的收益则归列车拥有方。线路互换模式是指双方以大致等长的线路作为交换，允许对方列车进入本方线路行驶，列车运行涉及的收益归各列车拥有方。由于线路运行环境的复杂性，为降低技术风险，列车在过轨区段的行驶一般由线路拥有方的司机负责操纵。