主校址在福建省厦门市。1921年4月由爱国华侨陈嘉庚创办，邓萃英为首任校长。1937年7月，改为国立大学。后由于日军进犯厦门，学校于同年12月迁往闽西长汀办学。1946年6月，校本部迁回厦门。1949年10月，厦门解放，学校进入了新的发展阶段。1951年，原省立福建农学院并入，改称厦门大学农学院；原私立福建学院的政治、法律、经济三系并入。经历了1952年的全国高等学校院系调整，学校相关系科调整到其他高校。1963年9月，学校被列为全国重点高等学校。学校是国家“211工程”“985工程”建设高等学校，国家“双一流”建设36所A类高等学校之一。

厦门大学芙蓉湖学校有思明校区、漳州校区、翔安校区和马来西亚校区，设研究生院和人文与艺术学部（文学部）、社会科学学部（社科学部）、自然科学学部（理学部）、工程技术学部（工学部）、医学与生命科学学部（医学部）、地球科学与技术学部（地学部）6个学部，以及30个学院（人文学院、新闻传播学院、外文学院、艺术学院、海外教育学院等）和16个研究院。开设5个世界一流学科建设学科，5个一级学科国家重点学科，9个二级学科国家重点学科。建有36个博士学位授权一级学科点，45个硕士学位授权一级学科点，1个博士专业学位学科授权类别，28个硕士专业学位学科授权类别，32个博士后科研流动站。建有2个国家级协同创新中心（牵头单位），4个国家重点实验室，1个国家工程技术研究中心，1个国家工程实验室，3个国家地方联合工程实验室，2个国家地方联合工程研究中心，5个教育部人文社会科学重点研究基地。学校出版物有《厦门大学学报（自然科学版）》《厦门大学学报（哲学社会科学版）》等。

截至2020年底，学校共有专任教师2777人，其中教授、副教授2045人；中国科学院院士、中国工程院院士21人，文科资深教授1人，“长江学者奖励计划”特聘教授25人、青年学者13人，国家“万人计划”科技创新领军人才25人、哲学社会科学领军人才7人，国家杰出青年科学基金获得者52人，国家优秀青年科学基金获得者48人。学生方面，共有在校生40000余人（含外国留学生1208人），其中本科生20 651人，硕士研究生16 712人，博士研究生4737人。