湖泊中底栖动物种类繁多，不同种类间个体大小差异很大，一般包括环节动物门、软体动物门和节肢动物门。环节动物门常见类群有多毛纲（齿吻沙蚕）、寡毛纲（水丝蚓、尾鳃蚓）、蛭纲（扁舌蛭）等；软体动物门常见类群有腹足纲（环棱螺）和双壳纲（三角帆蚌、河蚬）；节肢动物门常见类群有昆虫纲（摇蚊幼虫、蜻蜓幼虫）、软甲纲（沼虾、绒鳌蟹）等。

底栖动物是湖泊生态系统重要的消费者，其组成和现存量与水深、底质类型、营养水平、水生高等植物、捕食等因素有关。底栖动物在湖泊生态系统的物质循环和能量流动中起重要作用，可促进水底有机质分解、提高水体自净能力、改变沉积物理化性质、调节水泥界面物质交换。底栖动物主要摄食有机碎屑和藻类，同时又是其他水生动物的食物，例如青鱼、鲇、中华绒螯蟹等。部分底栖动物具有重要经济价值，例如虾、蟹等，大型蚌类则用于生产淡水珍珠。在湖泊生态修复中，通过蚌类滤食湖泊中藻类和有机颗粒物、螺类牧食沉水植物表面的附着生物，可促进沉水植物恢复，达到改善水质的目的。湖泊底栖动物生命周期较长、迁移能力弱、活动场所相对固定，且不同物种对环境胁迫的敏感度和耐受性不同，可作为湖泊污染的指示生物。