生于东京。父亲是日本作家及评论家吉本隆明。毕业于日本大学艺术系。芭娜娜大学期间开始创作，23岁时发表代表作《厨房》，并获得日本“海燕”新人文学奖，后来又陆续获泉镜花奖、艺术选奖等，作品被翻译成美、德、意、英、法、中等多国语言。1989年，长篇小说《鸫》获得第二届“山本周五郎奖”，并于次年改编成电影。她创作精力充沛，发表了许多作品，连年雄踞日本畅销书榜首。

芭娜娜从女性角度出发刻画了情感细腻勇敢积极的世界，作品强调了从死亡阴影中走出重新开始生活的真谛。其小说得到日本年轻人，特别是年轻女性的欢迎，这与贯穿作品的“丧失与疗伤”功能密不可分。吉本芭娜娜笔下的青年男女敏感忧郁，同时对生命又充满着深深的依恋。

其他主要作品有《泡沫》（1988）、《哀愁的预感》（1988）、《白河夜船》（1992）、《菠萝布丁》（1989）、《水果篮子》（1990）、《北角》（1990）、《芭娜娜爱唱歌》（1991）、《浮生》（1991）、《吉本芭娜娜访谈集》（1992）、《蜥蜴》、《甘露》（1994）、《梦的种种》（1994）、《忠狗的最后恋人》（1994）、《蜜月旅行》（1997）、《硬派·硬石》（1999）、《阿根廷婆婆》（2002）等。