水作为重要的自然资源，在生活、生产和生态方面有多类用途。水资源用途是指在某一地方、某一段时间内的具体用途，即通过测定水体的物理、化学、生物等性质，评价水资源质量状况，依据水功能区划与特定水体的使用功能建立衔接关系。不同的水资源用途有不同的质量要求，且水资源质量的评价指标与标准需根据水资源用途确定。

水资源质量保护，是水资源保护工作的重要任务，目的是防治水污染，保护和改善水体质量，维护水体功能，从而保障水资源的合理利用。水质良好的水体，按照反退化要求，强化水质预防保护，以保障水质不下降，其中，饮用水水源地实行最严密的预防保护制度，以确保饮用水安全。水质状况不满足水体功能要求的，实行限制排污总量控制方案，实施污染减排及水质改善等强制性措施。

水资源质量保护须以流域或集水区为单元，采取综合措施，主要包括4个方面：①根据水资源的用途需求，对不同类型水体制定水功能区划，确定水体质量标准，明确水体质量保护要求。②建设水资源质量监控体系，建立水质监测站“网”，组织开展水质监测、水质调查、水质评价、水质预测和预报，建立水资源质量定期评价制度，定期发布水功能区水质达标信息。③建立水资源质量监督管理体系，核算地表水体水域纳污能力，制定污染物限制排放方案，建立入河排污口综合监管制度；建立地下水集水区污染排放监管制度。④建立水资源质量保护考核评价体系，形成水功能区限制纳污红线考核制度等。