微生物调控的目标是提高特定功能性微生物的丰度和活性，或者是减少、消灭某些病原微生物，目的是通过调节池塘养殖环境中的微生物，使得水产养殖产量达最大。虽然，通过调控养殖池塘微生物群落结构研究取得了一定的进展，但由于对集约化池塘养殖模式下环境微生态作用机理还缺乏系统认识，大量环境微生物还无法培养，距离“精确调控”的目标还有很长的路要走。

针对池塘微生物的调控共有以下四类。

对池塘浮游生物的调控。传统池塘养殖前期，为培育养殖苗种，往往需要通过往池塘中施用有机肥或无机肥，促进枝角类、轮虫、原生动物等生长，培育丰富的天然饵料，以满足养殖苗种生长需求。另在以获取滤食性鱼类或贝类的池塘养殖模式中，也通过施肥手段强化某些浮游生物生长，以促进滤食性水生动物生长。

对池塘养殖病原微生物和有害藻类的调控。为杀死池塘环境中病原微生物或有害藻类，在放养水生动物前或养殖过程中，需往池塘水体中泼洒适量的化学试剂。常用杀菌剂有漂白粉、生石灰、二氧化氯、高锰酸钾、硫酸铜等。

对池塘环境异养微生物的调控。可分为两种情况：①直接增加养殖水体益生菌丰度。研究表明，通过往池塘水体中直接泼洒某些益生菌剂，可有效改善池塘水质，减少病害发生。市销益生菌剂主要以芽孢杆菌、乳酸菌为主。其原理是通过添加的菌剂快速分解残饵、粪便、死藻等，从而达到减少池塘水体有机质、降低生物耗氧量、减少病害的目的。②通过平衡水体营养，促进异养菌生长。这种微生物调控方式以生物絮团水产养殖技术最为典型。生物絮团技术是通过向养殖水体中添加有机碳源，如糖蜜、葡萄糖等，调节水体中的碳氮比（C/N），提高水体中异养细菌的数量，利用微生物同化无机氮，将水体中的氨氮等含氮化合物转化成菌体蛋白，形成可被滤食性养殖对象直接摄食的生物絮凝体，能够生态友好地解决养殖水体中腐屑和饲料滞留问题，实现饵料的再利用，起到净化水质、减少换水量、节省饲料、提高养殖对象存活率及增加产量等作用。为保证絮凝颗粒悬浮，生物絮团技术要求一定的曝气强度，故在传统土塘中，还需在塘底铺设地膜、增加纳米曝气管等简单改造后才能用生物絮团技术养殖。该技术养殖对象主要限于凡纳滨对虾、罗非鱼等。

对池塘环境自养型微生物硝化菌的调控。养殖过程中，大量粪便和饲料氮素残留在池塘水体和沉积物中，在异养菌的作用下分解成氨氮。氨氮是一种毒性非常强的物质，尤其是分子氨在较低浓度的情况下就会影响水生动物的生长、降低水生动物的食物转换效率和免疫力，甚至当超过一定阈值时，会致水生动物死亡。研究表明，往池塘水体中悬挂比表面积大的悬浮填料或者种植比表面积大的根系植物，可以有效促进硝化菌生长。如应用阿克曼生态基^[注]处理精养凡纳滨对虾的虾塘废水，其可以显著降低水体氨氮和提高对虾产量。在中国华中地区主养草鱼的池塘中，种植7.5%覆盖面积的空心菜浮床（见池塘生物浮床），可显著降低水体分子氨浓度，并提高吃食型鱼类产量。