1962年，美国生态学家H.T.奥德姆^[注]首先使用生态工程的概念，提出了生态工程学。20世纪80年代后，生态工程在欧洲及美国逐渐发展起来，并出现多种认识与解释，同时提出了生态工程技术。自60年代以来，生态工程技术在欧美发达国家重点突出了研究方法的贮备与应用，特别在定量化、数学模型化及其系统组分及机制的分析方面。

渔业生态工程的形成在中国具有久远的历史。18世纪时，中国江苏、浙江、湖南、广东等地区的“桑基渔业”“蔗基渔业”“蓄基渔业”“果基渔业”等已非常发达。这些养殖模式的兴起已经初步体现了渔业生态工程的理念。20世纪80年代后期，在总结传统的“渔-农-牧”复合生态生产经验基础上，把渔业、种植业、畜牧业、加工业、环保业等结合起来，形成多种种养结合的复合生态种养模式，也就是形成了更多类型的渔业生态工程类型。90年代开始，中国的渔业生态工程已从传统的池塘型扩展到湖泊水库、河道及沿海滩涂养殖等领域，并逐渐在远洋渔业系统、近海渔业系统、河口渔业系统、咸水与淡水湖泊渔业系统、淡水河流渔业系统、淡水池塘渔业系统等不同的渔业生态系统中建立了不同类型的渔业生态工程。其中池塘生态工程、鱼礁生态工程、鱼道生态工程和海洋牧场等是有生产功能的、代表性的渔业生态工程。

渔业生态工程的最终目的是为满足人类对优质渔业产品需求的同时，能对渔业水域环境进行有效保护，以达到渔业生态系统资源多层次和循环利用，利于渔业及渔业环境的可持续发展和循环再生。

渔业生态工程最终目的的达成是通过工程的调控功能实现的，其调控的对象包括水质、浮游生物群落结构、微生物结构、沉积物、附着生物、水体溶氧、水流等多个方面。渔业生态工程的实施能改变或者调控渔业生态系统中原本物质、能量的利用与循环途径：比如循环水养殖系统通过水体的循环使用而促进水体的溶氧水平提高，并节约用水；池塘生物浮床的构建能够利用浮床上的植物吸收水体丰富的营养盐，从而降低水体的富营养程度；海洋牧场的构建能够为鱼类等提供饵料丰富的捕食、栖息场所等。

渔业生态工程以生态平衡、物种共生、生态位、多层分级利用、整体效应等生态学原理为指导，遵循“整体、协调、再生、循环”的农业生态工程原理，吸收、渗透与综合如农、林、加工、经济管理、环境工程等其他应用学科原理、技术与经验，控制渔业生态系统的结构和功能，以解决渔业发展过程中的多种环境问题，助于渔业健康发展及渔业产品的品质提高。其具有立体养殖、渔农牧副工相结合、强化水体生物过程等特色。

根据渔业生态工程实施水域的流态、面积、盐度、水深等特点，可将其主要分为池塘生态工程、河流渔业生态工程、湖泊渔业生态工程、滩涂渔业生态工程、海洋渔业生态工程等。渔业生态工程在细分的分类上，还没有主要的分类标准。渔业生态工程还包括鱼礁生态工程、鱼道生态工程、海洋牧场等。

在渔业生产实践中，需尽可能保留水域的自然生态景观，并充分考虑渔业生物品种间的相互关系，合理利用水层，构建科学合理的食物链。渔业生态工程的设计与实施需要考虑水域的自然环境特点如地理位置、水体流速、水深、盐度、海拔、地质条件等，以及当地渔业品种的生态习性，如食性、生活史等，从而有利于渔业生态工程在促进渔业发展和保护环境之间的协调、高效。主要应用领域有人工池塘技术、生物浮床、湿地系统和循环水养殖系统等。

利用天然低洼地进行筑坝或人工开挖形成人工池塘，池塘的体积、水深、水力负荷应适中，使污染物得到有效沉降。应当有适当的有机物负荷为微生物提供有机质，以加强反硝化过程。池塘中大型植物群落生长有利于悬浮物和养分的去除。

利用水生植物或改良的陆生植物，以浮床作为载体，种植在池塘水面。在池塘养殖方面的生物浮床主要有浮绳式、框架式、筏式、网箱式、浮岛式等（见池塘生物浮床）。

使用天然湿地或者人工湿地进行渔业生产区的水质调控。使用较多的是人工湿地。具体参见池塘浮游生物调控工程。

为减少养殖水用量及养殖废水排放而设计的水体在养殖系统中循环流动的养殖系统。该系统可以是室内封闭的循环水养殖系统，也可以是室外池塘与湿地联合使用的循环水系统。

随着人类活动对渔业水环境的进一步影响及人类调控水环境的技术水平的提高，渔业生态工程会有更多的形式和方法，也能更好地协调水环境与渔业生产之间的关系。