汉代以神学作为理论形式的名教纲常，逐渐流于形式，失去对人们思想行为的约束力。到了魏晋时期，随着玄风盛行、佛教传播，出现了儒家伦理纲常与道教、佛教的人生哲学既相互斗争又彼此吸收的复杂局面。

魏晋时期伦理思想的基本特点是：①玄学伦理思想以思辨形态逐步取代汉儒神学天意形态。②推崇“三玄”，宣扬玄学，试图调和老子、庄子和儒家的伦理思想，为其放荡纵欲的“自然”生活辩护。③援道入儒，以“名教”与“自然”的关系为主题，给封建的名教纲常以“玄学”的哲学论证。汉代评价人物、选拔官吏的德行以“名教”为准。但是黄巾起义、封建统治阶级内部矛盾加剧，导致名教的神圣性受到极大冲击。阮籍和嵇康进而指出“仁义”所依据的是非标准，就是等级名分及与之相关的“忠”“孝”等观念，君主等级制本身就是罪恶的根源，需要否定的不仅是“仁义”，而且是整个“名教”；不但应否定作为个人伦理的“五常”，更应否定作为社会伦理的“三纲”，从而走上了“无君论”，他们被看作背叛封建道德的异端。而经学成为仕途捷径，训诂章句蔚然成风，这导致经学陷入僵死的教条而成为“学者之大患”（《汉书·艺文志》），失去维护社会稳定的作用。玄学家援道入儒，借助玄学比较精致的思辨形式，调和名教与自然的矛盾，为封建制度和门阀士族的荒淫腐化生活作辩护。王弼从“万物以自然为性”出发，认为“名教”出于“自然”；名教不仅是自然的产物，也是自然的体现。王弼提出：“天下之物，皆以有为生。有之所始，以无为本。”（《老子注》第四十章）何晏提出：“有之为有，恃无以生；事而为事，由无以成。”（《列子·天瑞》）他们在名教与自然关系问题上，提出自然是本，名教是末，自然是母，名教是子。郭象则更进一步把名教说成“天理自然”，名教即自然。这样，玄学伦理学中有关“名教”与“自然”的关系问题，主要有三种观点：何晏、王弼的“名教”出于“自然”，强调以顺性纵欲为本，以纲常名教为末；向秀、郭象的“名教”即“自然”的观点，试图调和人的自然本性和伦理纲常；阮籍、嵇康的“越名教而任自然”，则将“名教”与“自然”对立，提出“名教”是从根本上违背人的自然本性。

玄学未能挽救名教危机，而使名教陷入了更大的危机。裴𬱟为了维护名教，反对玄学，写了《崇有论》。他不但抨击那种“口谈虚浮，不遵礼法，尸禄耽宠，仕不事事”的时弊，而且指出其根源在于玄学“贵无”。他认为“阐贵无之义”，必然“渎弃长幼之序，混漫贵贱之级”，导致“礼制弗存”“无以为政”的局面。因此，维护名教，就必须“贵有”。至南北朝时期，颜之推的《颜氏家训》重点从儒家修身、齐家、治国、平天下的道德观点出发，充分肯定并宣扬名教纲常的作用，认为这是稳固家庭关系，推行道德教育的根本。

有关魏晋时期道教伦理思想，更加理论化与系统化。道教开创于东汉末年，是中国土生土长的宗教，其源于古代巫术，基本信仰是道，教主是先秦的老子。道教早期经典有《太平经》（《太平清领书》）和东晋时期葛洪的《抱朴子》。道教的基本教义是长生不死、肉体成仙。葛洪以“玄”为核心，将修炼玄道视为成仙的途径。他主张以神仙养生为内，以儒术应世为外，“内宝养生之道，外则和光于世，治身而身长修，治国而国太平。以六经训俗士，以方术授知音，欲少留，则且止而佐时，欲升腾，则凌霄而轻举者，上士也。”（《抱朴子·释滞》）葛洪还将儒家名教与养生、成仙联系起来，阐发儒家的“忠恕之道”，提出“欲求仙者，要当以忠孝、和顺、仁信为本。若德行不修，而但务方术，皆不得长生也。行恶事大者，司命夺纪，小过夺算，随所犯轻重，故所夺有多少也”（《抱朴子·对俗》）。这一思想是将道教与儒家伦理思想相融合。道教一方面力图从宗教神权和天命论来论证升仙、长生的合理性；另一方面又将传统封建伦理思想的基本精神和范畴纳入其神学体系，教人遵守三纲五常，并将善恶、福祸与其教义合一。

除玄学、道教之外，佛学也在这一时期流行起来。作为宗教伦理学说，是以“出世”而进入“涅槃”作为人生理想的归宿。佛教的基本教义“苦集灭道”被称为“四谛”，四谛有两重因果，苦为果，集是因，由苦集二谛成为世间生死因果；灭是果，道是因，灭道二谛为出世因果。即由造积有漏业因而感有漏苦果，由修无漏道因而证灭谛涅槃。如《涅槃经》卷十二：“有漏果者则名苦，有漏因者则名为集，无漏果者名为灭，无漏因者则名为道。”此即知苦断集，证灭修道之义。四谛作为佛教的基本教义，是佛教各宗共修、必修之法。佛说四谛是要众生了知四谛的真理，断烦恼证涅槃，若专修四谛以求涅槃者，为行菩萨道。苦，人有悲欢离合，世俗一切皆苦。集，是积聚感召之意。灭，表示灭尽三界烦恼。道，道有道路、方法之意。主要指“八正道”：正见、正思、正语、正业、正命、正精进、正念、正定，是基本的修行路径。魏晋的玄学、道教与佛学伦理思想为中国伦理思想的发展提供了新的元素，并被后来的宋明理学加以批判地吸取。