会员包括个人会员和单位会员。个人会员分为设普通会员、资深会员以及港澳台和外籍会员。现有中国会员83269名，在美国、日本、韩国、新加坡等国家拥有部分外籍会员。

学会的最高权力机构是全国会员代表大会，理事会是全国会员代表大会的执行机构。设常务理事会，由理事会选举产生，对理事会负责。常务理事会半年召开一次会议。

理事会下设学术、组织、科普与宣传、编辑出版等工作委员会，虚证与老年医学、活血化瘀、心血管疾病、急救医学、微循环、精神疾病、诊断、肝病、风湿类疾病、血液学等60余个专业委员会。在全国（除台湾地区外）各省、自治区、直辖市及部分地、市、县设有分会。学会的主要任务是组织学术交流，编辑出版学术刊物，推广科技成果，普及中西医结合医学知识，培养中西医结合人才等。学会主办刊物有《中国结合医学杂志》（Chinese Journal of Integrative Medicine）《中国骨伤》《中国中西医结合耳鼻咽喉科杂志》《中国中西医结合急救杂志》等。

学会的宗旨是团结广大中西医结合医学科学技术工作者，促进中西医结合医学科学技术的繁荣和发展，促进中西医结合医学科学技术的普及和推广，促进中西医结合医学科学技术人才的成长和提高，积极开展中西医结合科技咨询工作，为中国人民的健康服务和社会主义建设服务。

1998年，在中国北京首次举行“世界中西医结合大会”，有来自60多个国家和地区的500余名代表参加。此后，世界许多国家勃兴了现代医学与本国传统医学相结合的“结合医学”的学术思潮，中西医结合研究受到了国际医学界的重视。