2003年以来，中国北京探索、拓展水土保持工作领域，提出以水源保护为中心、构筑“生态修复、生态治理、生态保护”三道防线、建设生态清洁小流域的理念，在原有小流域综合治理措施基础上，突出小流域内污水、垃圾、厕所和环境的治理。2006年，中华人民共和国水利部总结北京市生态清洁小流域建设经验，在全国启动试点工程。2011年修订后的《中华人民共和国水土保持法》对生态清洁小流域建设做出规定，“在饮用水水源保护区，地方各级人民政府及其有关部门应当组织单位和个人，采取预防保护、自然修复和综合治理措施，配套建设植物过滤带，积极推广沼气，开展清洁小流域建设，严格控制化肥和农药的使用，减少水土流失引起的面源污染，保护饮用水水源”。

福建刘源河生态清洁小流域

生态清洁小流域的主要作用是：①构建面源污染立体防护体系，解决农业面源污染防控难题；②完善防洪减灾工程体系，切实提高山区防灾减灾能力；③推动农村产业发展和人居环境改善，为农村经济社会可持续发展提供解决途径；④提升生态环境质量，推动区域社会经济全面发展。                         

以小流域为单元，水源保护为中心，控制水土流失和面源污染为重点，坚持山、水、田、林、路、村、固体废弃物和污水处置统一规划，预防保护、生态自然修复与综合治理并重。

根据建设地点、措施内容等，生态清洁小流域分为城郊生态清洁小流域和水源区生态清洁小流域。城郊生态清洁小流域建设内容以提高自然风光旅游价值为目标，措施布局突出自然景观的保护和改善。实践中，多数地方都与水土保持科技示范园建设结合进行。水源区生态清洁小流域以改善水质、减少出口泥沙为目标，措施布设重点在水源涵养林、调蓄水工程和水源保护工程等。

根据小流域的自然条件、功能类型区、水土流失情况、污染源特点等因素，在小流域内分为自然修复区、综合治理区、沟（河）道及湖库周边整治区。①自然修复区。在自然植被较好的地方，主要采取封禁措施，保护林草植被，蓄水保土，涵养水源；在自然植被较差的地方，主要采取补植、抚育等措施，促进林草植被恢复，保持土壤、涵养水源；采取防止人为扰动破坏、污染物随意排放等预防保护措施。②综合治理区。在土地利用现状分析评价基础上，按土地利用类型和污染类型配置水土流失及面源污染防治措施。村庄、企事业单位及其附近地区措施布局包括人居环境、道路整治、垃圾与污水处理等措施。③沟（河）道及湖库周边整治区。受人为干扰少、生态功能较好的沟（河）道，以预防保护为主，不宜采取工程措施。受人为干扰较大、自然形态遭受严重破坏的沟（河）道，采取必要的工程治理措施。沟道拦泥、河库清淤符合当地防洪标准，淤泥宜综合利用，或按有关规定处置。水库、湖塘等周边地带措施布局符合水源保护规定。