生于北海道札幌市，卒于东京。18岁前在北海道札幌市和钏路市两地交叉度过。高中毕业后考入武藏野美术大学视觉传达系，修读平面艺术专业。大学期间遍览外国电影，喜读作家筒井康隆作品。1984年以漫画作品《虏》获第10届千叶彻弥奖优秀新人奖而出道。1990年发表第一本漫画单行本《海归线》。1991年发表漫画单行本《国际恐怖公寓》。1994～1995年以押井守原作为基础，创作连载科幻漫画《六翼天使2亿6661万3336之翼》，表现21世纪初蔓延于欧亚大陆的“天使病”导致世界面临毁灭的危机。

1995年以编剧和美术设计身份参与动画片《回忆》（大友克洋总导演）的创作。1997年首次独立执导《未麻的部屋》，获亚洲奇幻电影节最佳亚洲影片奖，其独特的画风和“戏中戏”的叙事风格雏形已具。2002年，导演以日本昭和时代^[注]著名电影女演员原节子为原型的《千年女优》，以纪录片导演立花源也和摄影师的采访拍摄为切入点，展现隐居的旧时大明星藤原千代子丰富而多情的一生。今敏通过向原节子致敬的方式，打通了实拍片与动画片的界限，并恢宏地再现了对日本战后史和日本电影第二个黄金时代的怀念与思考。影片获第5届日本文化厅多媒体艺术节最佳动画片奖等多个奖项，并成为美国梦工厂发行的第一部日本动画电影。2003年执导较为娱乐化的《东京教父》，灵感源于J.福特1948年拍摄的《荒漠三雄》，影片涉及无家可归者、家庭矛盾、绑架等多重社会问题，整体画风爽利，基调温暖，故事轻松明快。2004年导演13集电视动画片《妄想代理人》，表现了“幻想和现实融合”的主题，加入了对许多社会问题的探讨。2006年导演《红辣椒》（又译《盗梦侦探》），获第63届意大利威尼斯国际电影节金狮奖提名。该片根据筒井康隆1991年创作的小说改编，突破了《千年女优》和《东京教父》中注重故事的保守主义，减轻了叙事的重要性，大幅创新视听语言，使画面和视听语言本身具有独立鲜活的叙事性，即追求“略带混混性质的、故意让人吃惊的影像”。

今敏的作品以“想象与现实的融合”作为创作的母题，具有强烈的作者性烙印，他强调界限并自由往来于界限之间。如《未麻的部屋》对偶像与粉丝、现实与想象、网络与真实的界限等。他的作品多以女性为主角，表现出对女性的身份认同。他曾被视为日本动画电影创作的中坚人物，是日本动画新时代到来的标志，在海内外拥有较高的知名度和广泛的观众群，他的作品还影响了部分美国科幻片。