为了加强长江河道采砂管理，维护长江河势稳定，保障防洪和通航安全，2001年10月，中国国务院颁布《长江河道采砂管理条例》。之后，水利部、长江水利委员会及长江沿线各省（直辖市）相继制定了规范性文件，组建了专门管理机构，配备了管理人员和执法车、船等设备，采取一系列措施加强日常监管，打击违法采砂行为。

长江河道采砂管理实行地方人民政府行政首长负责制，沿江县级以上地方人民政府对本行政区域内长江采砂活动管理负责，做好长江河道采砂的组织、协调和监督检查工作；沿江县级以上地方人民政府水行政主管部门承担本行政区域内长江河道采砂的具体管理和监督检查工作。

中国对长江采砂实行统一规划制度。长江采砂规划由长江水利委员会会同四川省、湖北省、湖南省、江西省、安徽省、江苏省和重庆市、上海市人民政府水行政主管部门编制，并征求长江航务管理局和长江海事机构意见，报国务院水行政主管部门批准。

长江河道采砂规划按照水利部发布的《河道采砂规划编制规程》（SL423—2008）进行编制。河道采砂规划应符合国家的相关法规和政策，符合长江流域综合规划并与相关专业规划相协调。编制河道采砂规划应充分考虑河势稳定、防洪和通航安全、生态与环境保护以及跨、穿、临河的涉河工程正常运行的要求。

采砂规划的主要内容包括河道演变与泥沙补给分析、采砂分区规划、采砂影响分析、规划实施与管理等，划定禁采区、可采区和保留区，确定禁采期和可采期、年度采砂控制总量、可采区的采砂船只控制数量等。长江干流以宜昌为界分两段进行规划，分别为长江上游干流宜宾以下河道采砂规划和长江中下游干流河道采砂规划，规划期为五年。沿江省，直辖市人民政府水行政主管部门根据采砂规划，拟订本行政区域内长江采砂规划实施方案，报本级人民政府批准后实施。

长江采砂申请由可采区所在地县级（或直辖市的区级）地方人民政府水行政主管部门受理。县级（或直辖市的区级）地方人民政府水行政主管部门签署意见后，逐级报送有审批权的机关审批；属于在省际边界重点河段（范围由国务院水行政主管部门划定）采砂的，沿江各省、直辖市人民政府水行政主管部门签署意见后，报送长江水利委员会审批。因整修长江堤防进行吹填固基或者整治长江河道采砂的，应当提交采砂申请和采砂可行性论证报告，并附具工程设计和审批文件等相关资料，经本省、直辖市人民政府水行政主管部门审查后，报长江水利委员会批准；因整治长江航道采砂的，应当事先征求长江水利委员会的意见。

采砂许可遵循公开、公平、公正、择优的原则，鼓励运用市场机制依法组织采砂许可证的发放。河道采砂许可证实行一船一证，其有效期限不得超过一个可采期，有效期间届满或者累计采砂量达到采砂许可证规定的采砂总量时，发证机关应当收回或者注销采砂许可证并发布公告。

2003年10月12日，财政部、国家发展改革委、水利部印发《长江河道砂石资源费征收使用管理办法》，规定在长江宜宾以下干流河道从事采挖砂、石、取土和淘金活动(包括疏浚整治河道、航道中经营销售所采砂石活动，不包括长江防汛抗洪进行采砂活动)的单位和个人，向长江水利委员会或长江沿线省、直辖市水行政主管部门缴纳长江河道砂石资源费。

2016年5月9日，财政部、国家税务总局发布《关于全面推进资源税改革的通知》，将砂石纳入资源税征税对象。2017年3月15日，财政部、国家发展改革委发布《关于清理规范一批行政事业性收费有关政策的通知》，停征河道采砂管理费（含长江河道砂石资源费）。