中共十一届三中全会以后，中国农村开始推行家庭联产承包责任制，农业推行市场化，极大地调动了农民发展生产的积极性。与此同时，集体动员组织资源投入农田水利等基础设施建设越来越困难，出现农业生产条件恶化态势，加上长三角和珠三角等稻米之乡因发展非农产业占用了大量耕地，农业发展后劲不足问题开始显现。在这种背景下，借助过去国家农业开发特别是商品粮、棉、油基地建设经验，中国国务院决定自1988年开始设立国家土地开发建设基金，1990年改为农业综合开发基金，后改为农业综合开发资金，专门用于农业综合开发项目。同年，国家设立农业综合开发办公室，2018年前隶属于财政部，2018年起隶属于农业农村部，专门管理项目资金分配、使用和工程建设等。

农业综合开发项目主要分为土地治理和产业化经营两大类。不同时期，农业综合开发项目的内容有一些差异。1988～1993年重点进行中低产田改造，同时酌量开垦宜农荒地，以确保粮、棉、油等主要农产品产量稳定增长。1994～1998年，项目以土地治理，改善农业灌溉、机械化耕作等生产条件为主，同时推出了扶持优质高效经济作物生产基地、养殖和农产品加工等项目，兼顾农业增产和农民增收。农业综合开发变荒山为“金山”1999年至今，项目以改造中低产田为主，尽量少开荒甚至不开荒，支持优质粮食、饲料作物、蔬菜和花卉等基地建设，支持植树造林、草原建设和沙地治理等，兼顾农业综合生产能力提高和生态环境保护，同时支持农业产业化龙头企业，带动农民增收。

项目特色包括：①注重技术服务。农业综合开发注重资源开发和科技成果转化应用相结合，注重推广优良品种和配套技术，注重基层农技服务组织建设和农民技术培训。1996年起，安排专项资金用于科技示范项目，经过多年发展逐步形成包括高新科技示范项目、科技推广综合示范项目和农业现代化示范项目等体系。②利用国际金融机构贷款。从20世纪90年代后期起，农业综合开发使用世界银行、亚洲开发银行等发展银行的多笔贷款，贷款由中央财政统借统还，用于农业灌溉等基础设施等农田水利等建设。增加了农业综合开发的资金来源，扩大了农业综合开发项目的规模。

农业综合开发资金实施项目管理，流程按照标准大致分为申报、评估、审批、实施和验收等环节，类型主要有土地治理、产业化经营、科技推广和外资引进，财政资金实行无偿与有偿结合，原则上公益性项目建设无偿使用，无偿资金实行县级报账制，有偿资金实行委托银行贷款制，有偿财政资金回收后继续流动用于农业综合开发。

农业综合开发符合世界贸易组织农业规则，属于绿箱政策，改善了农业生产条件，促进了农业综合生产能力的提高，支持了农民增收和农业可持续发展。