存储的内容包含两部分：①专题内容。突出表示海洋自然或社会经济现象及其有关特征。②地理基础。用以标明专题要素空间位置与地理背景的普通内容。

海洋测绘专题数据库根据表达的专题对象不同可以分为多种：①海洋水文数据库。反映海水物理性质和海洋水文要素为主要内容的信息集合，具体表达各海洋水文要素水平分布与垂直分布的一般规律。②海域地名数据库。反映海域地名要素为主要内容的信息集合，除海域地名信息之外，它还包括地理坐标、质量特征（如居民地、河流、湖泊、山峰)等。③海洋磁力数据库。反映海域地磁要素分布为主要内容的信息集合，主要表达海洋地磁总强度、海洋磁力异常、磁差及其年变率等信息。④海洋重力数据库。反映海域重力异常分布为主要内容的信息集合，是研究地球形状和内部结构、勘探海洋矿产资源的重要依据。