电子海图数据主要包括元数据（如描述空间数据的大地坐标系统、基准面、投影、数据范围和比例尺等）、海洋地理要素的空间数据和属性数据。电子海图数据在计算机中组织和存贮，可由计算机软件系统加工、处理、传输、可视化和辅助数据分析。

电子海图数据按其对空间信息组织方式的不同可分为：①矢量电子海图数据。采用点、线、面（多边形）数据来描述海图要素的空间位置和形状，用代码、文字和数值表示海图要素属性，具有结构紧凑、冗余度低、图形显示质量好、精度高的优点，同时数据结构化程度高，便于用户根据需要对数据进行定制使用和数据分析。②栅格电子海图数据。以规则的阵列来表示海图要素的空间位置和形状，具有结构简单，能保持原有纸质海图的风格和特点，容易被常年使用纸质海图的航海人员接受。

按主题可分为：①航海电子海图数据。通常突出表示海域要素，主要有海岸、干出滩、海底地貌、航行障碍物和助航标志、海中管线和区界，海洋水文及地磁等与航海相关的内容，满足船舶制定航行计划、选择锚地、航行中定位并标绘航线的需要。②专题电子海图数据。突出反映一种或几种海洋专题要素，一般反映海洋调查和海洋研究的科学成果信息，并用于进一步研究海洋、开发海洋、管理和利用海洋。按照国际海道测量组织（IHO）《数字海道测量数据传输标准，S-57》规定的电子海图数据交换格式、理论模型、数据结构、物标和属性分类、数据封装等标准，由官方海道测量机构出版或发布的电子海图数据集称为电子航海图（ENC），非国际标准电子海图数据集统称为电子海图。

按数据标准可分为：①国际标准电子海图数据。按照国际海道测量组织发布的标准生产、组织的电子海图数据，以数据交换集的方式发布，每个地理单元的电子海图数据称为单元（Cell），新版和再版数据单元文件称为新版数据文件（EN），用于修订更新单元文件的数据文件称为更新数据文件（ER）。②非国际标准电子海图数据。由各数据生产者、电子海图设备生产者自行定义。