电子海图出版以后必须根据海区自然现象和人文现象的变化不断进行更新，电子海图更新的资料主要来源于定期发布的用于海图改正的航海通告，内容主要包括航道、水深的变化，助航碍航物的增加、删除、移位、变更，以及与航行有关的其他内容的修正等。目的是保持电子海图的现势性，确保船舶航行安全。

电子海图更新的机制，采用与基础电子航海图数据一致的数据结构及图幅内物标唯一标识码—物标标识符字段，通过记录修改指令子字段关联物标标识字段实现对物标的增加、删除和修改操作。

更新过程包括更新文件的生成和更新文件应用两个阶段，数据生产者以收到的航海通告等改正信息为基础，对最新状态的电子海图（Electronic Navigational Charts，ENC）数据进行改正编辑，生成并发布包含一条或多条改正记录的更新信息文件。文件主名同基础电子航海图数据名称一致，扩展名以改正文件发布的时间顺序编号，依次标识为001、002、……00n；数据应用者通过电子海图信息系统把ER文件应用到目标数据（系统电子航海图数据）中，由系统自动完成电子海图数据的更新过程。

电子海图更新只是针对基础电子海图（ENC）数据生成改正记录，并不对基础数据本身做任何修改，当系统加载更新文件时，数据显示最新更新成果，卸载更新文件时，数据还是基础数据本身；电子海图更新文件具有连续性，如果中间有间断，后续更新文件无法加载到电子海图信息系统中进行显示。相对于传统的纸质海图改正，电子海图更新具有更加容易、迅速，以及可以减轻航海人员的工作量并避免改正误差等优势，即使船舶在海上航行也可以通过卫星或无线电方式远距离实时接收电子海图更新文件，实现电子海图的自动更新，保证船舶航行安全。