南海断续线起源于1914年两位私人绘制的中国地图中，当时是一条连续的海疆线，将南海的部分海域以及两个群岛（现东沙群岛和西沙群岛）划入中国版图之中。1933年6月7日，中华民国政府设立了负责审查在中国出版的私人地图的水陆地图审查委员会。1935年4月，该委员会会刊第二期出版了《中国南海各岛屿图》（比例尺1∶500万、基准纬线为北纬5°30′）。到1935年，这条海疆线在私人地图中已经外扩至包含南海中的四个群岛。1936年出版的《中华建设新图》一书中的第二图《海疆南展后之中国全图》上，标绘了一条包括曾母暗沙在内的连续海疆线，形成了现在南海断续线的雏形。1947年11月出版的《南海诸岛地理志略》一书首次刊印了中华民国内政部方域司绘制的《南海诸岛位置略图》，图上标绘了十一段断续国界线。1948年2月，中国政府通过北京商务印书馆出版发行了《中华民国行政区域图》，刊登了《南海诸岛位置略图》。1953年，南海断续线的数目由十一段减为九段，并在其后出版的地图中标绘。用九条断续线标示中国在南海的海疆线的画法一直沿用至今。

南海断续线是中国人民长期在南海海域生产生活实践和中国政府不断在南海海域行使主权、主权权利和管辖权所形成的。南海断续线是一条历史性的权力线，兼具历史性所有权和历史性权利的双重性质。具有三层意义和作用：①代表中国对线内所有南海诸岛及其附近海域拥有主权。②代表中国在线内水域和大陆架上，拥有对渔业、航行和其他海洋开发活动的历史性权利。③具有作为海洋划界界线的剩余功能。