航行基准面不是一个平面。对通航的天然河流而言，航行基准面大体相当于最低（最枯）水位；对通航的运河、渠道或湖泊、水库而言，航行基准面大体相当于航线上各个部位可能出现的略低于最低水位的水位。

航行基准面纵向断面示意图

低于航行基准面的地形点值反映的是该点枯水时的水深，高于航行基准面的地形点值反映的是该点枯水时的干出高度。

航行基准面在不同地点有不同的高程，其高程值通常都用绝对高程来表示，由于历史沿用高程系统较多，必须考虑高程成果的连续和换算，列出不同航行基准面的高程转换差值。

各地原有的基准面与1985国家高程基准之间的差值应该是固定的常数，但因以往从海平面延伸到内地的各水准线路不一，其所留下的旧水准基点，有的由于地面单位质点重力位能（垂直位移）差、测量误差、平差等的影响，造成新检测的高程与老高程数值不同，就形成了同一水准基点有两种以上高程值，换算常数各有不同。使用时，必须确认各基本水位站所引据水准点的不同基准面的高程系统差值。