为了进行波浪补偿，需要在测量船上安装运动传感器（波浪补偿器），用来观测测深设备安放位置处的横摇、纵摇以及升沉等参数。

在单波束水深测量中，横、纵摇幅度不大且运动传感器与测深换能器位置一致时，设备测得的升沉值即为水深的补偿改正数。随着横、纵摇幅度的加大，超出单波束测深仪换能器半波束角时，需要进行纵、横摇的补偿和水深点位置传算调整。

在多波束水深测量中，升沉补偿通过测量船的艏向、纵摇、横摇以及升沉等参数实时测定，要顾及各个传感器相关位置与声速剖面改正等在波束脚印传算中综合计算。