1919年成立，位于圣彼得堡。隶属于俄罗斯水文气象和环境监测局。1926～1991年改为列宁格勒苏联国立水文研究所，并被命名为苏联红旗国立水文研究所。1992年改为俄罗斯国立水文研究所。其基本任务是研究地表水体资源，研究改进的方法评估和预测地表水体的状态变化指标，研究各种水利工程结构的设计、建设和开发对基本水文特征的影响，研究极端水文现象的形成和评估方法，研究水体的水生态过程，研究人类影响下水质及水化学平衡，研究水文信息化的构建和传播，开发水文参数测试软件，评估气候变化下水资源反馈机理，研究人为影响和气候变化下河道侵蚀效应，提供科学的管理方法指导俄罗斯水资源管理，储存全俄水文资料，培养高质量博士及硕士，参与国际合作，组织全俄水文会议及论坛。

下设监测和实地研究部、水文仪器部、计量和标准体系建设部、河川径流和水问题研究部、水文实验和模拟部、水生态研究部、气候变化研究部、渠道研究部、水文物理部、水平衡实验室、水文遥感及地理信息实验室、信息化中心、国际交流与合作部、水文网络建设部、国家水文网络研究室15个部门。

在外设有瓦尔代水文分所。瓦尔代水文分所建于1934年，位于圣彼得堡320千米处的瓦尔代湖畔。该分所依托瓦尔代湖进行水文、水化学、水生物研究，进行小流域水平衡实验，开展水文现象和过程的室外试验研究工作，制定水文信息观测方法和数据处理的指导性文件，建立的电子数据库保存有全方位水文要素及汇流资料，是联合国教科文组织国际研究与培训中心水文实验和水文生态基地之一。

自成立以来，已在500多个期刊上发表文章，完成的科研项目荣获多个国家和国际奖项。与国内外有关水文和水资源学术组织密切合作，参与全球气候变化对水资源的影响研究。每年出版《国立水文研究所论文集》，并出版规程、规范、专著、指南、手册等技术读物和参考工具书。