人和动物所处的生态系统有宏观生态和微生态两种，前者指人或动物个体/群体与自然和社会环境的关系，后者是人和动物个体内部的微生物群之间及其与人/动物机体的相互作用，二者对人和动物健康都有至关重要的影响。生态健康（EcoHealth）是一个新兴的研究领域，综合运用医学、兽医学、生态学、经济学、社会学等理论和方法，研究生态系统中生物学、地球物理化学、社会和经济环境等因素的变化对人/动物健康的影响，并提出实用解决方案，从而达到“同一健康”的根本目标。

生态兽医学所关注的目标不仅仅是生态环境改变对动物自身的影响，更重要的是从动物作为生态体系的关键组成来探讨生态体系变化对人类健康的影响。它作为生态健康中的一个子系统，主要研究内容是生态系统变化对该系统中所存在的动物健康负面影响因子的相互作用、消长规律及其对动物个体和群体的影响。如全球温室效应导致生态环境改变，可使某些媒介生物的生活范围明显扩大或发生栖息地迁移改变，从而引发某些疫病在新的地区暴发；或因对自然资源的过度利用和开发，导致野生动物的生活环境被破坏，引致自然疫源性疾病在家养环境的动物群体中发生，并影响人类。生态兽医学强调系统的整合方法，需要多学科的统筹和协调。如中国2003年突然暴发的严重急性呼吸综合征（SARS）及其扑灭等。

生态环境与动物的生命活动及致病因素之间相互联系、相互作用、相互影响。生态兽医学把生态环境包括微生态环境、自然环境、人类活动、国家政策等作为一个整体来进行研究，对准确地把握疾病的发生、发展及流行方式，并综合采取措施，既防控病症，又保护生态环境；精准指导畜牧业生产，使畜牧业健康持续科学地发展，具有重要的意义和作用。