水权制度体系由水资源所有权制度、水资源使用权制度、水权流转制度等组成。

水权制度的起源是与水资源紧缺程度密不可分的。在人类开发利用水资源的早期阶段，水资源的利用采取即取即用的方式，不存在权利分配问题。随着人口增长，开发活动日趋频繁，水资源成为一种短缺的自然资源，水权就作为解决特定地区社会系统冲突的制度而产生了。总体上看，在水资源充沛时期，各国立法中缺乏有关确定水资源所有权的明确的、具体的制度安排，人们关注更多的是对水资源的占有和使用，但也根据实际需要在现实社会生活中生成了一系列较为完整的、相互配合的关于水资源权属的各种制度安排的原则体系，这些原则主要来源于各国、各地区的用水习惯与用水实践。20世纪以来，随着社会经济的发展，用水量急剧增加，水资源的短缺逐步凸显，水危机出现并不断加剧。因此，在世界各国的立法与司法实践中逐渐确立了有关水资源权益归属的各种制度，现代意义上的水权制度随之出现。

中国通过《中华人民共和国宪法》《中华人民共和国水法》《取水许可和水资源费征收管理条例》《水量分配暂行办法》《水权交易管理暂行办法》等法律法规，构建了水资源国家所有权、取水权、用水权的权利体系，探索推进水权确权、水权交易和水权监管，正在逐步形成具有中国特色的水权制度。《中华人民共和国宪法》明确规定水流属于国家所有，即全民所有。《中华人民共和国水法》规定“水资源属于国家所有。水资源的所有权由国务院代表国家行使”。按照强化资源管理的思路，中国对国家所有水资源的配置和有偿使用做了具体规定。配置方面，规定了水资源宏观调配、水资源规划、用水总量控制等制度；有偿使用方面，规定了水资源费征收和使用管理制度。以水资源国家所有权为基础，《中华人民共和国水法》《中华人民共和国民法典》《取水许可和水资源费征收管理条例》明确规定了取水权，并对取水权的配置、管理进行了规定。水利部印发的《水权交易管理暂行办法》对区域水权交易、取水权交易、灌溉用水户水权交易做了规定。进一步健全中国水权制度，重点是探索建立分级行使所有权的体制，进一步落实水资源所有权人权益，并建立健全水权配置体系、水权交易体系、水权监管体系。

其他国家关于水的权属制度安排，最早产生并适用的是河岸权制度，这也被认为是水权制度的起源。河岸权又称沿岸权、滨岸权，是指合理使用与河岸土地相连的水体但又不影响其他河岸土地所有者合理用水的权利。河岸权制度是伴随着沿河两岸的土地所有权而产生的，一般适用于水资源丰富的地区。其最初源于英国的普通法和1804年的《拿破仑法典》，后来在美国的东部地区得到发展。目前，河岸权制度仍然是上述国家和地区制订水事法律和水管理政策的重要基础。

19世纪中期，为了解决缺水地区的用水问题，一些国家和地区逐步确立了优先占用权制度。该制度最初起源于美国西部各州，是为了充分利用水资源而建立的一种排他性水权制度。其内容主要包括三个方面：一是先占用者有优先使用权；二是水的使用不能损害别人的利益；三是不行使即作废。

第二次世界大战以后，越来越多的国家明文规定水的国家所有制，如英国、法国等传统上实行河岸权的国家，都已经颁布了水的国家所有制的法律。此外，各国普遍实行水权登记和用水许可证制度，还对用水的优先顺序、水权登记和用水许可证实施的范围和办法、用水者的义务、有偿用水原则等方面做了明确的规定，以强化国家对水权的管理。