末级渠系水价是农业水价的组成部分，与骨干工程水价共同构成农业终端水价。

2006年，中国国家发展和改革委员会、水利部印发《关于加强农业末级渠系水价管理的通知》，要求将农业末级渠系水价纳入政府价格管理范围，逐步推行农业用水计量收费和面向农民的终端水价制度。农业末级渠系水价要体现“多予、少取、放活”的方针，以切实保护农民利益，在明晰产权、清产核资、控制人员、约束成本的基础上，按照补偿农业末级渠系运行和维修养护费用的原则核定。

小型灌区和末级渠系根据管理需要细化计量单元；大中型灌区末级渠系水价和小型灌区农业水价，可实行政府定价，也可实行协商定价，具体方式由各地自行确定。加强政府定价成本监审，充分利用节水改造腾出空间，综合考虑供水成本、水资源稀缺程度以及用户承受能力等，合理制定供水工程各环节水价并适时调整。供水价格原则上应达到或逐步提高到运行维护成本水平；确有困难的地区要尽量提高并采取综合措施保障工程良性运行。

实践中，由于大部分灌区末级渠道计量困难，仍按灌溉面积平摊水费，加上末级渠系主要由农村集体组织农民自主管理，大多实行协商定价。