水体生态系统退化会使水体系统自身缓冲能力、抗人为和自然风险能力减弱，而敏感性和脆弱性增强。水体生态系统退化也是水体生态系统稳态转换成低稳态的过程，或是形成多个低层稳态并存的状态，当外界各种干扰总和大于其某一稳态阈值时，系统将会发生不同稳态之间的跳跃变迁，从高层稳态直接转变到低层稳态，这是一种突变退化，但也存在缓慢退化的过程。

水体生态系统退化的表现形式主要有：水体富营养化、湖滨带退化和水生生物资源多样性丧失。

水体生态系统退化的生态驱动因子，根据性质可以分为生物因子和非生物因子两大类。生物因子会对水体生态系统的营养链级、生态位产生直接影响，在较小空间和较短时间上引起生态系统的剧烈变化。非生物因素（包括水体地理位置、连通性、水体大小、外源性氮或磷等负荷的输入、气候变化、风浪、水位等）可以在较大时间、空间尺度上引起生态系统的缓慢变化。水体生态系统退化的驱动因子也可分为物理因子（围湖造田、直立岸堤、兴修水利、风浪暴雨、水文、地理区位、自然环境条件等）、化学因子（各类营养盐、有机物、重金属盐等）和生物因子（微生物、鱼类、水生动植物等）三大类。识别不同淡水湖泊生态系统退化的驱动因子，并厘清各驱动因子对淡水湖泊生态系统退化的作用机制、影响途径，可为修复退化水体生态系统提供重要依据。