生于葡萄牙北部波尔图一个破落骑士的家庭，卒于菲律宾麦克坦。1505年，参加葡萄牙第一任驻印度总督F.de阿尔梅达的远征队，服役8年，先后到东部非洲、印度、马六甲等地探险和进行战争活动。他曾向葡王曼努埃尔一世建议，向西航行可以探索到通往摩鹿加群岛（今马鲁古群岛）的航路，但是遭到拒绝。

1517年，麦哲伦放弃葡萄牙国籍移居西班牙，得到西班牙国王查理一世的支持和资助。1519年9月20日，率船5艘、水手265人，由西班牙的桑卢卡尔港起航，越过大西洋。次年10月21日，进入南美大陆与火地岛之间的万圣海峡（后命名为麦哲伦海峡）。11月28日，进入太平洋，继续西行。途中克服风暴、暗礁、叛乱、饥饿、疾病、减员、损船等困难，于1521年3月抵菲律宾。在麦克坦岛，麦哲伦被当地居民杀死。仅存的一只船“维多利亚”号和18名疲弱不堪的船员，由西班牙人J.S.de埃尔卡诺率领，横渡印度洋，绕过好望角，于1522年9月6日返抵西班牙。

麦哲伦及其船队费时近3年完成人类历史上第一次环球航行，扩大了世界各大洲之间的联系，同时以实践证实了地圆学说。