非反刍动物和反刍动物对蛋白质消化的部位、方式不同。

非反刍动物对蛋白质的消化发生在胃、小肠和大肠。蛋白质在胃中的消化由盐酸和胃蛋白酶进行。盐酸破坏蛋白质的高级结构，使蛋白质变性，暴露肽键，以利于胃蛋白酶作用。胃蛋白酶将蛋白质水解成较小分子的多肽。十二指肠是蛋白质消化的主要部位。蛋白质在小肠的消化分为肠腔内消化、膜和胞内消化。肠腔内消化主要由胰液和小肠液所含的蛋白酶完成。膜和胞内消化是蛋白质消化的最后阶段，发生在肠黏膜的外侧膜和小肠柱状上皮细胞内。大肠中蛋白质的消化主要是通过微生物的发酵作用，在微生物的发酵下，未被小肠消化吸收的蛋白质被降解生成氨，部分氨被微生物利用合成菌体，部分被肠上皮吸收，进入血液。

反刍动物对蛋白质的消化发生在前胃（瘤胃、网胃、瓣胃）、真胃（皱胃）、小肠和大肠。由于瘤胃微生物的作用，使反刍动物对蛋白质的消化、利用与非反刍动物有很大差异。进入瘤胃的饲料蛋白质，在微生物的作用下水解成肽和氨基酸，其中多数氨基酸又进一步降解为挥发性脂肪酸、氨和二氧化碳。很多瘤胃细菌又能够以氨为主要氨源和一些简单的肽类、游离氨基酸来合成微生物蛋白质。蛋白质在反刍动物真胃和小肠的消化方式和产物与非反刍动物的相似，但作用的底物种类和来源不同。进入真胃和小肠的蛋白质由微生物蛋白质和过瘤胃蛋白组成。蛋白质在反刍动物大肠内的消化为微生物消化，其消化过程与消化产物与非反刍动物的相似。