外源蛋白质通过进食进入消化道，主要经胃蛋白酶、胰蛋白酶的作用被催化分解为多肽，而后被肽酶分解为小肽或氨基酸等物质。这些小分子物质通过自由扩散和载体蛋白的作用进入机体，又重新合成机体蛋白质，参与机体的调节及代谢。

对于反刍动物而言，瘤胃是蛋白质分解与合成的重要场所。饲料中的蛋白质在瘤胃微生物的作用下发生分解代谢，一部分生成胺类物质，另一部分经微生物自身合成菌体蛋白，而菌体蛋白又可以进入皱胃及肠道进行分解代谢。