分子参数包括组成参数、拓扑参数、静电参数、几何参数、量子化学参数、热力学参数，以及溶剂性质参数等。拓扑参数的计算基于分子内原子的连接性，因此这些参数包含分子的组成、大小、形状、支链信息，但不包括键长、键角、扭转角等信息内容。静电参数反映分子的静电结构特征，如原子的局部电荷参数与电负性参数。静电参数往往与拓扑参数、组成参数相关联。几何参数有多种定义，但都反映分子的三维结构特征，如分子尺寸与形状。几何参数可以从经过理论化学方法优化之后的分子结构中提取，也可以从分子晶体结构参数中提取。由于分子几何参数包含了原子在三维空间的相对位置信息，以及原子的三维空间的坐标，因此几何参数比拓扑参数包含更多信息，有着更强的区分结构相似分子和区分不同构象分子的能力。量子化学参数是采用从头计算及半经验量子化学计算得到的参数，能提供大量涉及分子几何及静电特征的相关结构信息，尤其是许多分子内部静电性质是其他分子参数所不能提供的。