生于筑摩县第八大区五小区（今岐阜县中津川市）一个名门望族之家，卒于神奈川县大矶。自小受到封建思想的熏染。明治维新后社会动荡，家道中落，父亲被文明开化的洪流吞噬，惨死狱中。家乡的风土与遭遇和岛崎藤村此后的文学创作密切相关。其父亲的一生对岛崎藤村文学的形成产生深刻影响。

岛崎藤村1881年前往东京，1887年在明治学院读书期间开始接触西方文学，阅读了W.莎士比亚、但丁、P.B.雪莱、G.G.拜伦等人的诗歌，对他后来的诗歌创作产生很大影响。不过，他也受到日本古典文学的影响。1888年，接受基督教的洗礼，开始信奉基督教。1891年从明治学院毕业，1892年任明治女子学校英文教师，次年受北村透谷《厌世诗人与女性》（1892）的感染，其后相当长一段内深受北村透谷浪漫主义文艺观影响。1893年参与创刊《文学界》，与星野天知、北村透谷、户川秋骨、马场孤蝶、平田秃木等人一起，推动了浪漫主义文学运动。其间，因与明治女子学校的学生恋爱而被迫辞职。此后，岛崎藤村脱离基督教，离开关东前往关西旅行，以求精神上的安宁。10个月后回到明治女子学校复职。

长期漂泊不定的生活、1894年北村透谷的自杀及因家庭负担而产生的情绪低落与动摇持续不断地影响着他。1896年，岛崎藤村北上仙台，担任东北学院作文教师的生活经历，带给他内心的安定，迎来了人生的春天。他将满溢的情感写成清新的抒情诗，并集结成册，命名为《嫩叶集》（1897），引起较大反响，是开创日本近代诗的里程碑，被誉为日本近代诗的黎明，具有历史意义。诗集收录了51编诗作，采用日本传统的七五调式，诗集中的作品有的描写恋爱与肉欲，有的赞美家乡的自然或抒发旅行过程中的情感，文笔流畅，受到当时青年读者的共鸣。此后陆续发表《一叶舟》（1898）、《夏草》（1898）。1899年结婚，回到家乡信州成为小诸义塾的教师，直到1905年。其间，于1900年开始动笔撰写《千曲川风情》（1912），并发表《落梅集》（1901）。这些作品使得岛崎藤村打开了近代诗的新世界，成为浪漫抒情诗人。

在小诸的生活使岛崎藤村从诗人向散文作家过渡，他开始尝试以写生的手法描写信州风土。与因追求理想而殒命的北村透谷不同，岛崎藤村将目光转向了现实，为表达现实中的“生”而开始进行散文创作。这一时期结交了田山花袋等人，从中受到法国、德国、俄国的自然主义思潮影响。辞职后举家迁往东京，并自费出版第一部长篇小说《破戒》（1906）。作品描写觉醒的知识分子与封建社会的冲突，批判了徒有虚名的近代社会，揭露了牢牢盘踞在社会中的腐朽思想。作品一经发表，在社会上引起广泛讨论。但次年田山花袋发表小说《棉被》（1907），作品因赤裸裸地自我告白而引起文坛关注，岛崎藤村也从自然主义本来具备的社会视角转而向表达自我内心倾斜，将自我体验小说化，先后发表了描写《文学界》时期自己与北村透谷等同人“充满泪水的青春”的《春》（1908），以及描写两个没落家庭的《家》（1911）等一系列自传性质的作品。

1910年，失去妻子的岛崎藤村因与来家中帮忙做家务的侄女发生肉体关系而苦恼不已，于1913年前往法国。三年后回国，他将此次不伦行为写成私小说《新生》（1918）在《东京朝日新闻》上连载，给文坛内外带来巨大冲击，也招至各方议论，被后人评价为典型的自然主义风格的私小说。此后，他将与自己的四个孩子的生活和心境及对再生的希冀写在《岚》（1926）等短篇小说中。1928年再婚，1929年开始用七年时间完成以父亲为原型的历史小说巨著《黎明之前》（1929～1935），连载于《中央公论》上。1943年，开始创作关注西方与日本关系的长篇小说《东方之门》，因脑溢血逝世，作品未完成。日本筑摩书房多次出版《藤村全集》。岛崎藤村既是日本近代浪漫主义精神诗歌的开拓者，也是近代自然主义和批判现实主义小说的代表。